mimics教程中文版——第二章
图片都没掉了，一张一张上传太麻烦，完整版等待资源上载。
部分版：http://download.csdn.net/detail/aaronwxb/4494403
第二章 Mimi
本教程的第二个例子中，我们将为你展示Mimics的一些基本功能，所要讨论的主题如下：
l 打开工程Opening the Project
l 窗口化 Windowing
l 二值化 Thresholding
l 区域增长 Region Growing
l 建立3D表示 Creating a 3D representation
l 显示3D表示 Displaying a 3D representation
l STL+过程 STL+ Procedures
l 生成STL文件 Generating a STL file
l RP分层过程 RP Slice procedures
l 生成一个轮廓文件 Generating a contour file
l 生成支持文件 Generating supports
l 结果视图 View of the end result
1.打开工程
在文件菜单栏中，选择打开工程选项（或者直接用快捷键Ctrl+O），打开对话框中将显示工作目录中所有工程，双击打开mimi.mcs文件。
所有的图片都被打开并显示在三个视图中，右边视图是轴视图（xy-view或者axial view），左侧上面的视图是前视图（xz-view或者coronal view），左侧下面的视图是侧视图（yz-view或者sagittal view）。不同颜色的交叉线代表了每个视图的等高线（contour lines），每条指示线能够标记相关视图的切片。你可以在任意视图的CT图片的任意位置直接用鼠标点击你想要操作的位置，交叉线的位置将会到达你所点的位置，所有试图将更新显示为相关的切片。
如果视图中有些方位标记有错需要修改，在File > Change Orientation中打开窗口你可以通过右键鼠标选择正确的方位。
在菜单栏View > Indicators中可以选择分别关闭刻度线（Trick Marks）、交叉线（Intersection Lines）、分片位置（Slice Position）、方位字符（Orientation strings）指示器。
窗口右侧的滚动条可以用来转动视图中的图片。
在当前工程中（Mimi），所有的视图是正确的。如果你想在图片集中除去某些不合适的图片，用教程案例1中的方法，在File > Organize Images中进行操作。
2. 窗口化
首先，我们必须把不同视图中的图片对比度调整到一个合适的值。对比度的增强，有助于选择不同密度的部分，例如骨头和脑肿瘤，这个操作可以在任何时候做。
可以在工程管理器的对比度标签中改变之
对比度标签显示了工程的直方图，并且用一条线代表了“窗口”，灰度值或者HU值低于这条线的起点值的地方将会显示为黑色，所有灰度值在这条线终点值之上的将显示为白色，灰度值在窗口值之间的地方将显示为渐变的灰色。
你可以单击鼠标左键拖动“窗口线”到想要的位置来改变“窗口”的大小，要想移动“窗口”，选择那条线并拖动到新的位置即可。
你也可以在标签底部选择预先定义好的窗口。
下面将描述想要获得一个好的分片掩膜需要进行的步骤。一个分片掩膜是你所感兴趣的像素所组成的一个你可以进行处理的对象。一般可以建立多个独立的或者不独立的掩膜，不同的掩膜用不同的颜色标记。通常要获得最终的掩膜可能需要几个不同的掩膜来相互操作而得到。
3. Thresholding二值化
二值化保留分割对象的图片中灰度值大于或等于阈值的像素，有时需要定义阈值的上界和下界，分割掩膜将保留所有灰度值在上下界之间的像素。
例如，比较小的阈值选择病人的软组织比较容易，阈值比较大则只会保留比较稠密的部分。定义上界和下界阈值选择神经部分就比较容易。如何定义一个好的阈值取决于建模的目的，如果你想要一个好看的模型，建议使用比较小的阈值，因为这样建出的模型洞比较少；相反，如果是为了建立义肢的模型服务的话就推荐使用比较大的阈值。
单击Threshold按钮。
通过Threshold Toolbar的滑动条来改变阈值
选择一个合适的阈值的窍门：
看不同的图片，你可以改变图片：
l 使用arrow，page up和page down
l 使用窗口右边的滑动条
l 移动切片指示器
单击Profile按钮
在轴视图中穿过骨头画一条线：在软组织地方单击鼠标左键来标记起始点，拖动鼠标穿过骨头后单击，这样沿着这条线就产生一个强度截面，这些直横线代表了你现在的阈值。点击Start Thresholding，上下拖动下界直线来设定一个好的阈值。如果你想要一个好看的模型，就选择比软组织强度平衡水平稍高一些的阈值；如果你想做一个义肢模型，就把线拖到软组织平衡水平和骨头最大值之间。当选择好合适的阈值时，单击End Thresholding保存当前阈值。
过程中你可能需要放大图片的局部，方法如下：首先，从zoom按钮旁的下拉菜单，选择Box，点击Zoom按钮，这是光标显示为一个小型放大镜，在图片上单击鼠标左键，划定放大的区域矩形之后放开则放大，若要返回到整个图片，单击Unzoom按钮
对Mini来说，一个好的阈值大约是270（Hounsfield scale），阈值在Threshold工具栏的Min.box中显示。要结束阈值选择，单击Apply按钮。
在Thresholding操作之后，将创建一个绿色掩膜，在一个工程中你可以有不同的掩膜，但你只能在有效掩膜上进行操作，在工程管理器重的掩膜选项卡中选取掩膜则该掩膜变为有效掩膜（被激活）。如果工程管理器没打开，在菜单栏view中选择工程管理器按钮
如果想隐藏某些掩膜，点击对应的眼镜即可。
4. Region growing 区域增长
区域增长工具能够将二值化得到的分割分成几块，同时去除漂浮像素
单击Region growing按钮或快捷键Ctr+R，鼠标的光标现在显示为十字，同时可看到Region Growing窗口在屏幕上显示。
选取源掩膜（这里取Green）和目标掩膜（一个新掩膜），在感兴趣的对象（头骨的一部分）的绿色区域单击鼠标左键，此时程序开始计算新的分割，所有当前分割对象中与标记点相连接的点将组成一个新的掩膜，这个新的分割标记为黄色。
点击Close按钮关机Region growing 窗口
在视图工具栏中选择Yellow掩膜，隐藏绿色掩膜之后可检查Yellow掩膜是否正常。
在不同图片中（不同视角？）检查掩膜
当检查图片之后，如果一切正常，则可以建立3D图形了。
提示：在区域增长之前必须进行二值化，因为二值化以后所有之前做的工作都没掉了。
5. 创建一个3D表示
在掩膜标签中你能够看到所有之前创建的掩膜以及他们各自的阈值，这些掩膜的名字是Green和Yellow，被选中的掩膜则为active的。
现在你暂时还知道Yellow掩膜包含头盖骨，但一个月之后，当你重新载入该工程的时候，你可能很难记起你所存储的结果，因此，最好重命名掩膜，方法为单击Yellow为可编辑状态，输入新名字即可。
单击Calculate 3D按钮
“Calculate 3D Models”对话框显示
这时你可以选择用哪些掩膜来创建3D模型，多选的话只需按住Ctrl键选择即可，这个例子中只选择skull掩膜，单击Calculate按钮，则生成一个3D对象
你可以设置所生成模型的可视化质量，这个只是在屏幕上显示的效果，不影响你在RP机器上实际创建的模型。当然，质量越低，生成模型的时间越少，且之后加载的时候占用的内存也就越少。
6. 显示一个3D表示
你可以在右边垂直的3D工具栏上设置不同生成的3D模型的可见性，这也可以在工程管理器的3D对象标签中点击小眼镜来设置。
当3D图像加载之后，可进行以下操作：
l 通过按钮来旋转模型，此按钮在3D窗口的右侧，或者点击鼠标右键移动来旋转
l 通过按钮来选择不同的标准视角，如顶部，前面，底部等
l 通过按钮来进行缩放，通过按钮进行移动
l 右键选择Color选项，可以改变模型的颜色
点击Toggle Transparency按钮可以设置模型显示为透明的，你可以单击3D对象标签的透明度一栏的按钮选择不同的透明程度（high-medium-low-opaque）
要改变背景颜色，可以到View > 3D Background Color选择你喜欢的颜色
7. STL+过程
PS：STL = STL文件，一种3D模型文件格式STL（STereo Lithography的缩写），是一种为快速原型制造技术服务的三维图形文件格式。
在Mimics和STL+之间的中间文件格式可以为以下几种：
l “.3dd”文件
l 掩膜
l 3D对象
你可以通过点击工程管理器的掩膜标签中的Export 3dd按钮或者主工具栏的Export > 3dd来生成一个skull.3dd文件，单击Save按钮之后.3dd文件将被保存在MedData文件夹中。
这一步并不是必须的，机器文件的计算也可以直接在掩膜或者3D对象上进行。单击工程管理器中的掩膜标签上选择动作列表中的STL+按钮，一个窗口将出现，有三个不同的标签提供三种选择。选择掩膜标签，选择skull掩膜并点击Add按钮，如果想选择3D对象的话就选择3D标签。
请注意，可以选择多个掩膜，或者多个3D对象，但不能太难过同时选择掩膜和3D对象
如果你有兴趣为快速成型(Rapid Prototyping)创建中间文件，或者导出一个STL或VRML文件，请继续看下面的教程：
在选择了掩膜或者.3dd文件和按了Add按钮之后，文件会出现在输出区域，如果愿意你可以改变输出文件名，比如为skull
选择输出格式，有许多不同的输出格式，如STL,VRML
7.1生成STL文件
点击Next按钮，将会出现转换到STL对话框
你可以使用屏幕截图中的所有参数，进一步的关于参数的解释可以查询手册，也可以点击help按钮
选择合适的参数，然后单击Finish按钮，将生成一个STL文件
8.快速成型（RP，Rapid Prototyping）分层过程
8.1 RP分层过程
在RP分层对话框中，你可以由一个掩膜或者3dd文件生成一个轮廓文件，由一个轮廓文件生成一个支持文件
8.2 生成一个轮廓文件
在工程管理器的掩膜标签中选择动作列表中的RP Slice按钮，从刚刚打开的RP分层窗口的掩膜标签中选择skull掩膜，点击Add按钮，掩膜将在下面的区域中显示，选择SLI输出格式。
单击Next按钮，出现转换到RP格式对话框，你可以使用对话框中的参数
点击Next按钮，出现计算参数对话框，按如下显示填写值
参数的进一步解释可查看手册
单击Finish按钮，计算开始然后生成一个SLI文件
若要计算支持结构，继续看教程：
8.3 生成支持
为了建立一个Stereolithography对象，要用RP分层模块处理分层文件直接生成一个支持文件。打开RP分层窗口，选择轮廓文件标签，在输入格式区域选择.SLI选项，选择你之前创建的文件，点击Add按钮
当一个轮廓文件被选择时，点击Next按钮，打开下面所示窗口：
注意：也可以为Stratasys machines产生分层文件，请参考STL+指导手册查看如何在快速切片（Quickslice）中使用这些文件
该程序默认，所以整个模型都被支持，然而这并不必要。从底向上建厂分层，寻找新的‘islands’，为了防止这些islands在创建过程中浮动，需要支持他们。在“Mimi”的情况下，一个支持到达层高50.00足够了（取决于所使用的resin？）
点击Finish按钮开始支持生成，将产生一个SLI文件
现在，你就有了一个模型和一个支持文件！好运！
9. 生成的结果