o迷幻天使o
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2019-12-29 学习记录9

eggnog

下载

cd ~/software
wget https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/archive/1.0.3.tar.gz
tar xvzf 1.0.3.tar.gz
cd eggnog-mapper-1.0.3

下载数据库

cd eggnog-mapper
./download_eggnog_data.py euk bact arch viruses

测试使用

python emapper.py -i test/polb.fa --output polb_bact -d bact --data_dir ~/data/eggnog.db

结果

polb_bact.emapper.annotations
polb_bact.emapper.hmm_hits
polb_bact.emapper.seed_orthologs

使用

python /mnt/raid5/wangteng/Software/eggNOG-mapper/eggnog-mapper/emapper.py 
-i /mnt/raid6/duanyiqian/buffalo_gut/cdhit/db90 
--output result_eggnog -d bact 
--data_dir /mnt/raid5/wangteng/Software/eggNOG-mapper/eggnog-mapper/databases

EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

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