赵国屏生物信息课题组及成员简介

成立于2016年7月，赵国屏生物信息实验室目前主要从事人群微生物组，微生物基因组进化和临床微生物流行病学的生物信息学分析，包括基因组数据的管理、基因组的比较和进化分析、微生物组数据的机器学习和微生物流行病学模型的应用。

基因组进化和临床微生物流行病学的生物信息学分析，包括基因组数据的管理、基因组的比较和进化分析、微生物组数据的机器学习和微生物流行病学模型的应用。

课题组负责人周豪魁，1982年9月生。参与发表SCI文章十余篇，第一作者共计3篇。

• 2006年于上海交通大学获得生物信息学学士学位，其后在上海交通大学微生物分子生态与生态基因组学实验室参加肠道微生物组的研究工作。

• 2007年至2008年在上海生命科学院植物生理生态研究所参与环境宏基因组和能源微生物基因组挖掘的工作。

• 2009年至2014年师从中国科学院院士赵国屏，于香港中文大学医学院微生物系获得博士学位。博士期间完成结核分枝杆菌的基因组进化和致病性进化的研究工作。随后留校任为期2年的博士后工作。期间参与了结直肠癌的微生物组研究。

• 2016年7月在中国科学院深圳先进技术研究院生物医药与技术研究所合成生物学工程研究中心组建赵国屏院士生物信息课题组。致力于大规模人群肠道微生物组的数据挖掘和人群健康的研究。

课题组成员，助理研究员罗明晶，2016年毕业于香港中文大学，主修微生物学。

• 2010年于吉林大学获得动物医学学士学位，其后在吉林大学兽医药理系邓旭明教授研究组学习，并于2012年获得兽医硕士学位。

• 硕士毕业后加入香港中文大学微生物叶碧瑶教授研究组，并于2016年获得博士学位。目前主要从事肠道微生物与疾病诊断相关研究。

课题组博士后叶羽，主修微生物学。

• 博士期间主导三个关于结核分枝杆菌的课题的研究工作：

1. Mycobacterium tuberculosis中冗余钼喋呤合成的功能研究以及在休眠中的作用；
2. moaA, moaC and moaD等基因在维持Mycobacterium tuberculosis体内氧化还原稳态中作用的关联研究；
3. 结合生物信息血分钼喋呤合成基因中moeA1基因的新功能鉴定，分子进化途径以及其在免疫应激压力下的作用。

• 参与数个相关课题的研究工作：

1. CRISPR-CAS12a对非靶标RNA的剪切活性的鉴定，以及相关核酸检测产品的开发；
2. 通过人类巨噬细胞模型THP-1及动物模型对结核分支杆菌复合群（Mycobacterium tuberculosis complex）的细胞毒理及免疫应答进行研究；
3. 发现并鉴定一个微生物中全新的硝酸盐还原酶亚型NasN，对其催化功能，生理意义和分子进化都进行了深入研究。

课题组成员魏予辰，博士生在读，主修生物信息学。

• 流行病与生物统计学背景
• 研究方向：人群肠道微生物组关联分析方法的优化
• 具有独立完成肠道微生物组生物信息学分析及与转录组、代谢组等多组学间关联分析的项目经验
• 熟练使用R、python、SAS、shell等工具，并用于进行生物信息学及统计学分析。

课题组成员陈硕，2016年毕业于香港中文大学，主修流行病与生物统计学。

• 2017年3月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组
• 预防医学专业，医疗及公共卫生相关机构的学习及工作背景，具有综合医院临床实习经验；参与并负责整个公共卫生项目，从设计、实施、质控、数据收集、数据分析、整合结果并报告工作的经验。
• 负责参与医院合作相关的项目设计、可行性报告的撰写、查阅并整合相关文献。
• 熟练掌握R、熟悉python编程工具，并用于微生物组16s数据分析及数据可视化。

课题组成员杨兮兰，2019年毕业于深圳大学，主修统计学。

• 2018年5月在中国科学院深圳先进技术研究院作为客座学生加入赵国屏院士生物信息课题组
• 数学专业背景，具有使用matlab进行定位算法变成及仿真实验的项目经验，具有根据科学问题建立数学模型的项目经验。
• 熟练掌握R及python编程工具，并用于微生物组16s数据分析及数据可视化。

课题组成员郑睿琪，2016年毕业于西班牙马德里卡洛斯三世大学，主修大数据分析及生物技术专业。

• 2019年10月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组
• 有二代测序数据分析，转录组表达差异分析，实现TMB，差异基因分析，高频突变分析等高级分析点的项目经验。
• 熟练掌握R编程，熟悉python。了解bwa,GATK等基因组分析软件，能够使用Python编写简单爬虫从数据库上爬取内容，同时掌握生物实验技术。

课题组客座学生王亢宗, 东北林业大学在读研究生, 植物发育学专业

• 2019年6月在中国科学院深圳先进技术研究院作为客座学生加入赵国屏院士生物信息课题组。
• 本科期间凭借G-quadruplex对CCND1基因表达调控研究课题与同学获得全国大学生生命科学竞赛一等奖。
• 在R,Python上有一些基础,目前正学习代谢组学数据分析技能。

课题组成员李婕，2012年毕业于中山大学，多年生物信息学工作经验。

• 2020年4月在中国科学与深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组。
• 有二代测序数据、甲基化测序数据处理合并统计建模的完整项目经验。
• 熟悉Python/R, 并用于微生物组学研究。