【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value

BLAST（Basic LocalAlignmentSearchTool）是一个由NCBI开发的基础局部比对搜索工具。

将查询序列与数据库中的序列进行比对，结果中显示有各种值。

其中identity在昨天的推送中有介绍【现学现卖】序列比对之identity VS similarity。

Max score：又叫做highest alignment score（bit-score），是这条比对的得分。

bit score (S')  = (λ × S − lnK)/ ln2 

这个公式中λ 和K是与选择的比对算法有关的常数。S是原始比对算法矩阵得分。

从公式中可以看出S'与原始的矩阵得分S呈线性关系，相当于对S值的校正。所以bit-score越高，说明查询序列与数据库序列越相似。所以这个S值越大，查询序列与显示的结果序列越相似。

Total score ：一般与bit-score相等，除非数据库序列与查询序列的多个不同区域可以匹配。

E-value：可以说它反映了这条比对结果序列相对于其他序列的显著性。它指在随机匹配的情况下，其他序列与查询序列的相似度要大于这条结果序列的可能性。换个说法，也可以说E是这个显示的结果序列是随机匹配的可能性。所以E值越低（趋于0），说明匹配结果越可靠。

E=Kmn(e^(-λ*S))

其中K，λ，S和上面公式的含义一样，m指的是查询序列的长度，n为库中所有序列长度之和。