组装细菌基因组

一：细菌基因组下载

• 上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号**
  这里找了一篇文章：
  https://mra.asm.org/content/7/18/e01118-18

• 点击一篇文章，查看SRR序列
  
• 查看一下大小
  
  
  二：下载序列
  prefetch SRR7774037
  
  
  
  三：解压
  fastq-dump --gzip --split-files SRR7774037.sra
  
  
  
  四：fastqc 质量评价
  fastqc SRR7774037_1.fastq.gz
  
  
  
  五：Trimmomatic去接头

mkdir trim_out
java -jar ~/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar SE 4 -phred33 SRR7774037_1.fastq.gz ./trim_out/output.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/xiaoming/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:15 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36

六：SPAdes组装基因组
七：quast评价
八：下载report.html
选择了单端测序，不会后面的基因组组装