邹劲鲲
邹劲鲲

组装细菌基因组

一：细菌基因组下载

  • 上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号**
    这里找了一篇文章：
    https://mra.asm.org/content/7/18/e01118-18

  • 点击一篇文章，查看SRR序列
    组装细菌基因组_第1张图片
  • 查看一下大小
    组装细菌基因组_第2张图片

    二：下载序列
    prefetch SRR7774037

    三：解压
    fastq-dump --gzip --split-files SRR7774037.sra

    四：fastqc 质量评价
    fastqc SRR7774037_1.fastq.gz
    组装细菌基因组_第3张图片

    五：Trimmomatic去接头

mkdir trim_out
java -jar ~/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar SE 4 -phred33 SRR7774037_1.fastq.gz ./trim_out/output.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/xiaoming/Downloads/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:15 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36

六：SPAdes组装基因组
七：quast评价
八：下载report.html
选择了单端测序，不会后面的基因组组装

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