学习小组-晓光-Day3

2020-02-08 Linux下安装软件

Anaconda与miniconda相当于是Appstore

Anaconda包含的范围大,是总管;miniconda是精简版Anaconda,专注于生信领域

具体可参考生信小白第3天-linux的App Store

下载miniconda

1. 通过输入uname-a查看自己的操作系统是64位还是32位
2. biosoft文件夹下执行以下命令
   wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

1. bash安装miniconda
   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 一路按"Enter"键或选"yes"
3. 主目录下激活环境变量
   source /home/bio07/.bash.rc
4. 测试
   conda
5. 添加镜像
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

在miniconda下安装或删除软件

1. 查看当前软件列表
   conda list
2. 搜索软件
   conda search fastqc
3. 安装软件
   conda install fastqc -y
   "-y"是自动安装
4. 删除软件
   conda remove fastqc -y

配置不同的conda environment

1. 查看当前的environment
   conda info -e
   带*的就是默认的
2. 建立一个名为rna-seq的conda environment，指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic
3. 激活新的conda environment(rna-seq环境)
   conda activate rna-seq
   4.查看当前的environment
   conda info -e
   带*的已经是rna-seq,而不是base