Data Tour: Human Connectome Project (HCP)数据下载

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第一次下载还是容易迷路,这里记录申请和下载HCP数据大概流程。

imaging数据下载

1. 之前似乎还有一个注册的步骤。

2. 注册好之后,可以登录到ConnectomeDB的页面即可,看到如下页面。此时应该就可以下载open access data: (按照要求安装Plugin,后面下载要用)

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3. 在页面点击数据名的标题进到如下页面

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4. 选择想要的数据(这里选择3T)到达下载页面

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比如这里选择了原始数据,加入queue之后就可以选择Download Packages

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点击Download Packages后,会启动插件开始下载

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由于数据是按被试进行压缩的,下载好之后可以只解压需要的文件。

for zipfile in *.zip;
do unzip -j "$zipfile" '*/*/*/*/*_3T_T1w_MPR1.nii.gz';
done

变量名字典

查看下载变量名的含义。

地址:

https://wiki.humanconnectome.org/display/PublicData/HCP-YA+Data+Dictionary-+Updated+for+the+1200+Subject+Release

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比如NEO给了变量名的含义,取值范围等信息

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可以从变量名字典中看到有一部分变量是restricted的。

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此外在另外的页面也有一个不错的summary。

https://humanconnectome.org/study/hcp-young-adult/document/quick-reference-open-access-vs-restricted-data

申请restricted数据

一部分敏感数据需要单独申请access。 就在注册open access data的下方可以看到申请restricted data的部分。

https://www.humanconnectome.org/study/hcp-young-adult/document/wu-minn-hcp-consortium-open-access-data-use-terms

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请认真阅读数据使用规范,提交申请。提交通过后会收到邮件确认,进入ConnectomDB,此处会有显示: Restricted Access Terms Accepted 

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进入数据下载页面后,可以看到多出来的两个类别,选择想要的tier。

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Quick Downloads里就能下载Restricted Data了,下载后就一个CSV文件,配合变量名字典使用即可。

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整个过程中感觉HCP无时无刻不在强调数据使用规范和他们的concerns,因此使用过程中需要严格遵守数据使用规范。

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