Data Tour: Human Connectome Project (HCP)数据下载

第一次下载还是容易迷路，这里记录申请和下载HCP数据大概流程。

imaging数据下载

1. 之前似乎还有一个注册的步骤。

2. 注册好之后，可以登录到ConnectomeDB的页面即可，看到如下页面。此时应该就可以下载open access data: (按照要求安装Plugin，后面下载要用)

3. 在页面点击数据名的标题进到如下页面

4. 选择想要的数据(这里选择3T)到达下载页面

比如这里选择了原始数据，加入queue之后就可以选择Download Packages

点击Download Packages后，会启动插件开始下载

由于数据是按被试进行压缩的，下载好之后可以只解压需要的文件。

for zipfile in *.zip;
do unzip -j "$zipfile" '*/*/*/*/*_3T_T1w_MPR1.nii.gz';
done

变量名字典

查看下载变量名的含义。

地址：

https://wiki.humanconnectome.org/display/PublicData/HCP-YA+Data+Dictionary-+Updated+for+the+1200+Subject+Release

比如NEO给了变量名的含义，取值范围等信息

可以从变量名字典中看到有一部分变量是restricted的。

此外在另外的页面也有一个不错的summary。

https://humanconnectome.org/study/hcp-young-adult/document/quick-reference-open-access-vs-restricted-data

申请restricted数据

一部分敏感数据需要单独申请access。 就在注册open access data的下方可以看到申请restricted data的部分。

https://www.humanconnectome.org/study/hcp-young-adult/document/wu-minn-hcp-consortium-open-access-data-use-terms

请认真阅读数据使用规范，提交申请。提交通过后会收到邮件确认，进入ConnectomDB，此处会有显示: Restricted Access Terms Accepted 

进入数据下载页面后，可以看到多出来的两个类别，选择想要的tier。

Quick Downloads里就能下载Restricted Data了，下载后就一个CSV文件，配合变量名字典使用即可。

整个过程中感觉HCP无时无刻不在强调数据使用规范和他们的concerns，因此使用过程中需要严格遵守数据使用规范。