一文详解YOLOX算法实现血细胞检测

作者丨MlDl@知乎

来源丨https://zhuanlan.zhihu.com/p/395976338

编辑丨计算机视觉工坊

目标检测一直是计算机视觉中比较热门的研究领域。本文将使用一个非常酷且有用的数据集来实现YOLOX算法，这些数据集具有潜在的真实应用场景。

·问题陈述 数据来源于医疗相关数据集，目的是解决血细胞检测问题。任务是通过显微图像读数来检测每张图像中的所有红细胞（RBC）、白细胞（WBC）以及血小板 (Platelets)共三类。最终预测效果应如下所示：

yolox算法预测结果图

选择该数据集的原因是我们血液中RBC、WBC和血小板的密度提供了大量关于免疫系统和血红蛋白的信息，这些信息可以帮助我们初步地识别一个人是否健康，如果在其血液中发现了任何差异，我们就可以迅速采取行动来进行下一步的诊断。

通过显微镜手动查看样品是一个繁琐的过程，这也是深度学习模式能够发挥重要作用的地方，一些算法可以从显微图像中分类和检测血细胞，并且达到很高的精确度。

本文采用的血细胞检测数据集下载地址

https://public.roboflow.com/object-detection/bccd%EF%BC%8C

·YOLOX介绍

YOLOX是旷视科技新近推出的高性能实时目标检测网络，性能超越了YOLOv3/YOLOv4 /YOLOv5。

YOLOX使用 PyTorch开发，采用了Anchor-free机制、解耦头、Multi Positives、先进的标签分配策略和强数据增广等前沿技术。

论文链接：

https://arxiv.org/abs/2107.08430

代码链接：

https://github.com/Megvii-BaseDetection/YOLOX

YOLOX-DarkNet53 YOLOv3 是以 Darknet53 为主干，后面再加上 SPP。YOLOX对训练策略进行了一些修改，增加了 EMA weights updating，余弦学习率， IoU 损失，以及 IoU-aware 分支，在训练分类和 objectness 的分支中，使用 了 BCE loss。在数据增强方面，只使用了水平翻转，颜色抖动和多尺度。

Decoupled head 在目标检测中，分类和回归的任务是有相互冲突的，这是个普遍认可的问题。因此，一般会将分类和回归分开 2 个分支，但是在 YOLO 系列中， 仍然是没有分开的。这里，将耦合的检测头分开，变为 2 个相互独立的检测分支。具体如下图

Strong data augmentation 在数据增强中，使用了 Mosaic 和 Mixup 的增强策略，使用了这些增强策略之后，发现预训练模型已经没有必要了，因此后面所有的训练都是从头训练的。

Anchor-free 将 YOLO 转换为 anchor free 其实很简单，将每个空间位置的输出由 3 减少到 1，直接输出 4 个值，即左上角点的两个偏差值，以及宽和高。对于每个目标，其中心点位置所在的区域即为正样本，并预先定义一个尺度范围， 将每个目标分配到不同的 FPN 层上。

Multi positives 上面提到的 anchor free 的正样本选择策略，对于每个目标只选 择了 1 个正样本，这样会忽略掉其他的高质量的预测，使用这些高质量的预测对 于梯度是有好处的，而且样本的不均衡性也会减少一些。这里，简单的使用 了中心点 3x3 的区域，都作为正样本。

SimOTA 对于标签的分配，总结了 4 个关键点：1）损失/质量相关性 2）中 心优先 3）每个 GT 的正样本 anchor 点的动态数量 4）全局视角。使用 OTA 作为候选的标签匹配策略。然后对 OTA 进行了修改，提出了 SimOTA。首先，计算每个 prediction-gt 对的匹配度，用损失和质量来表示，这里，在 SimOTA 中，使用损失来表示

其中，λ是平衡系数，然后，对于一个 gt，用 gi 来表示，选择在一个固定的 中心区域内，topk 个具有最小的 cost 的预测来作为正样本，最后，这些正样本 所在的 grid 也被分配为正样本，其他的 grid 是负样本，注意，对于不同的 gt，k 是不一样的。

End-to-end YOLO 增加了 2 个额外的卷积层，进行一对一的标签分配，不 需要梯度。这使得检测器可以端到端的运行，这个略微降低了性能和速度。所以作为可选项。具体的各种修改的效果如下：

·YOLOX实现

1. 克隆 YOLOX 并安装

安装 Git 软件

https://git-scm.com/downloads

克隆项目到本地

网址:

https://github.com/Megvii-BaseDetection/YOLOgithub.com/Megvii-BaseDetection/YOLOX

git clone https://github.com/Megvii-BaseDetection/YOLOX.git

或者直接下载 YOLOX 的代码并解压。在 YOLOX 目录下执行：

 pip install -r requirements.txt -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

2.安装 apex

git clone https://github.com/NVIDIA/apex cd apex python setup.py install

注意：cuda 的版本应和 cudatoolkit 一致

3.安装 pycocotools

pip install cython git clone https://github.com/philferriere/cocoapi.git 
cd cocoapi/PythonAPI
python setup.py install --use

4.下载预训练权重文件

下载 yolox_s.pth.tar，yolox_m.pth.tar，yolox_l.pth.tar，yolox_x.pth.tar, yolox_darknet53.47.3.pth.tar, yolox_nano.pth.tar, yolox_tiny.pth.tar 权重文件，并放置在 YOLOX/weights 文件夹下

5.安装测试

测试图片：

python tools/demo.py image -n yolox-s -c weights/yolox_s.pth.tar --path assets/dog.jpg --conf 0.3 --nms 0.65 --tsize 640 --save_result

6.训练血细胞数据

修改文件 exps/example/yolox_voc/yolox_vocs.py

self.num_classes = 3

7.修改文件 voc_classes.py

VOC_CLASSES = ( "rbc", "wbc", "platelets" )

8.在 YOLOX 路径下执行

python tools/train.py -f exps/example/yolox_voc/yolox_voc_s_bm.py -d 1 -b 16 --fp16 -o -c weights/yolox_s.pth.tar

注意：如果出现显存溢出，可减小 batch-size 默认训练的 epoches 为 300.

9.测试训练出的网络模型

python tools/demo.py image -f exps/example/yolox_voc/yolox_voc_s_bm.py -c YOLOX_outputs/yolox_voc_s_bm/best_ckpt.pth.tar --path testfiles --conf 0.3 --nms 0.65 --tsize 640 --save_result --device gpu

10.性能统计

python tools/eval.py -f exps/example/yolox_voc/yolox_voc_s_bm.py -c YOLOX_outputs/yolox_voc_s_bm/best_ckpt.pth.tar -b 16 -d 1 --conf 0.001 --fp16 -- fuse

本文仅做学术分享，如有侵权，请联系删文。

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