跟着 Cell 学作图 | 火山图进阶版

volcano2.0

今天我们复现一幅前两天发表在Cell上的火山图。

DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.02.027

之前复现过火山图：

• 跟着CELL学作图|1.火山图

• 答疑| ggplot 绘制火山图并添加文字标签

• 跟着Cell学作图 | 双曲线火山图

cell原图

读图

和普通的火山图相比有几个地方不同：

1. 散点大小根据表达量匹配

2. 散点的边框与填充问题

3. 图例散点的大小问题

结果展示

复现结果

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绘制

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
library(ggrepel)
rm(list = ls())
df <- read.csv("df1.csv",row.names = 1) 
## 添加一列logCPM
df$logCPM = runif(179,0,16)
#确定是上调还是下调，用于给图中点上色
df$threshold = factor(ifelse(df$P_value  < 0.05 & abs(df$fd) >= 0.25, ifelse(df$fd >= 0.25 ,'Up','Down'),'NoSignifi'),levels=c('Up','Down','NoSignifi'))
df$gene <- row.names(df) #添加一列基因名，以便备注
ggplot(df,aes(x=fd,y= -log10(P_value),size = logCPM,fill = threshold))+
  geom_point(colour = "black", shape = 21, stroke = 0.5)+
  scale_size(limits  = c(2, 16))+ #控制最大气泡和最小气泡，调节气泡相对大小
  scale_fill_manual(values=c("#fe0000","#13fc00","#bdbdbd"))+#确定点的颜色
  geom_text_repel(
    data = df[df$P_value<0.05&abs(df$fd)>1,],
    aes(label = gene),
    size = 4.5,
    color = "black",
    segment.color = "black", show.legend = FALSE )+#添加关注的点的基因名
  ylab('-log10 (Pvalue)')+#修改y轴名称
  xlab('log2 (FoldChange)')+#修改x轴名称
  geom_vline(xintercept=c(-0.25,0.25),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加横线|logFoldChange|>0.25
  geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加竖线padj<0.05
  theme_classic(  # 主题设置，这个是无线条主题
    base_line_size = 1 # 坐标轴的粗细
  )+
  guides(fill=guide_legend(override.aes = list(size=5)))+ #图例圈圈大小
  theme(axis.title.x = element_text(size = 10, 
                                    color = "black",
                                    face = "bold"),
        axis.title.y = element_text(size = 10,
                                    color = "black",
                                    face = "bold", 
                                    vjust = 1.9, 
                                    hjust = 0.5, 
                                    angle = 90),
        legend.text = element_text(color="black", # 设置图例标签文字
                                   size = 7, 
                                   face = "bold")
  )


ggsave("volcano_2.0.pdf", height = 4, width = 5)

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