ggplot2

ggplot2箱式图两两比较_科学网—ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母 - 周运来的博文...

编写的两个方差分析多重比较的函数boxplert()和boxplerk()【来源NumericalEcologywithR(secondEdition)】我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的，作为一个ggplot2
weixin_39548740·2025-01-31 22:46

使用R语言绘制日历热图

在R语言中，我们可以使用ggplot2包来创建漂亮且可定制化的日历热图。首先，确保已经安装了ggplot2包。
CyberXZ·2025-01-28 11:39

利用MetaNeighbor验证重复性和跨物种分群

导入包和环境library(Seurat)library(ggplot2)library(MetaNeighbor)library(SingleCellExperiment)library(dplyr)
木与长清·2025-01-27 14:41

Coding and Paper Letter（十四）

1Coding:1.R语言包ungeviz，ggplot2的拓展包，专门用来作不确定性的可视化。ungeviz2.计算机图形学相关开源项目。计算机图形学光线追踪开源项目C++源码。
G小调的Qing歌·2024-09-10 13:10

r语言做绘制精美pcoa图_R语言高级绘图 — ggplot2

首先需要一系列的统计处理，然后用ggplot2进行绘图，过程如下：#加载需要的三个包(需要先下载，再加载)>library(ade4)>library(ggplot2)>lib
weixin_39560002·2024-09-10 06:59

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图

论文Pan-Africangenomedemonstrateshowpopulation-specificgenomegraphsimprovehigh-throughputsequencingdataanalysishttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3本地pdfs41467-022-31724-3.pdf论文中公布了大部分图的数据，
小明的数据分析笔记本·2024-03-10 17:29

ggplot2绘制环状聚类热图

本文是要把昨天画的聚类热图给“掰弯”，gene<-read.csv(file="clipboard",header=T,sep="\t",check.names=F)#读入数据row.names(gene)<-letters#添加上基因名，如果直接有基因名，则省去这一步gg<-hclust(dist(gene))#行聚类zz<-hclust(dist(t(gene)))#列聚类gene<-gene
钿璎纍纍佩珊珊·2024-02-29 17:01

ggplot2批量生成图片并组合图片

一个一个画当然也行，不过很累，这里，我来使用ggplot2批量生成一个类型的图片，并将他们拼接在一起。
钿璎纍纍佩珊珊·2024-02-19 22:42

R语言绘制热图

运用R语言绘制热图本文主要讲述绘制热图的两种方式，分别为利用pheatmap包和ggplot2包目录运用R语言绘制热图一、热图概念二、热图绘制方法1.利用pheatmap包2.利用ggplot2包一、概念热图是一种很常见的图
小潘的生信笔记·2024-02-19 14:05

R语言绘制相关性热图

1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图###1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图rm(list=ls())head(mtcars[,1:6])#查看前六行六列cormtcars
qq_27390023·2024-02-19 14:01

利用R语言绘制相关性热图

数据示例（归一化处理后）：install.packages("corrplot")install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr")library
陆小吉1212·2024-02-19 14:53

R可视化之美之科研绘图-15.克利夫兰点图、棒棒糖图、哑铃图

本内容为【科研私家菜】R可视化之美之科研绘图系列课程快来收藏关注【科研私家菜】01棒棒糖图library(ggplot2)library(reshape2)mydata<-read.csv("第3章_类别比较型图表
科研私家菜·2024-02-19 11:05

跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2c频率分布直
小明的数据分析笔记本·2024-02-15 04:29

ggplot2不能截断纵坐标肿么办

R语言实现数据和原图dfWarning:Removed1rowscontainingmissingvalues(position_stack).library(ggplot2)ggplot()+aes(
小洁忘了怎么分身·2024-02-15 01:02

R语言ggplot2绘图拟合曲线的置信区间边框变成虚线

https://stackoverflow.com/questions/57988682/how-to-remove-filled-area-on-se-when-plot-geom-smooth-in-ggplot2library
小明的数据分析笔记本·2024-02-14 20:28

R如何将表格作为注释添加到图形中

以下是示例代码：library(ggplot2)library(gridExtra)library(kableExtra)library(dplyr)#创建一个示例的ggplot图形plot1%kable
R语言与SPSS学习笔记·2024-02-14 15:35

R语言的ggplot2画图去掉图例的灰色背景

R语言默认的图例如下library(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+geom_point(aes(color=Species
小明的数据分析笔记本·2024-02-14 06:09

跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件image.png加载用到的R包library(ggtree)library(treeio)library(readxl)library(ggplot2
小明的数据分析笔记本·2024-02-13 22:30

利用ggplot2制作金字塔图，展示人口结构数据

人口金字塔图是描述一个地区或国家人口结构类型的常用图示方式，今天我们介绍一下如何利用R语言制作金字塔图，快来看看如何作金字塔图吧！什么是人口金字塔图？人口金字塔是用类似古埃及金字塔的形象描绘人口年龄和性别分布状况的图形。能表明人口现状及其发展类型，比如看一个地区或国家的人口结构类型是扩展型、稳定型或者收缩型。图形的画法是：按男女人口年龄自然顺序自下而上在纵轴左右画成并列的横条柱，各条柱代表各个年龄
普癌新声·2024-02-12 02:24

跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2散点图及添加文字标签

论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.c
小明的数据分析笔记本·2024-02-11 22:15

跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计
TOP生物信息·2024-02-11 08:57

R语言泡泡图— —小泡泡如何变大泡泡？

我们使用R绘制泡泡图时，可能会遇到这样一种情况，即count点太小，但又不知道应该如何调大，如下图：图1泡泡图附代码：library(ggplot2)pathway=read.csv("1KEGG.csv
赵玉鑫0507·2024-02-11 06:30

ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母

编写的两个方差分析多重比较的函数boxplert()和boxplerk()【来源NumericalEcologywithR(secondEdition)】我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的，作为一个ggplot2
周运来就是我·2024-02-11 05:13

ggplot2—x，y 轴置于图中间

简介ggplot2的默认x，y轴置于图片左边缘和下边缘，但有时候需要将原点(0,0)放置于图片正中，便于展示数据的象限信息。
吴十三和小可爱的札记·2024-02-10 23:01

跟着ISEM学作图：R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图

论文Conservedandreproduciblebacterialcommunitiesassociatewithextraradicalhyphaeofarbuscularmycorrhizalfungiimage.png今天的推文我们来重复一下论文中的Figure2image.png没有找到论文提供的原始数据，这里数据我自己构造一份首先是左侧的进化树文件(((A8:0.9735669859
小明的数据分析笔记本·2024-02-10 17:59

R语言可视化学习笔记之ggridges包

ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|置换序列分析图ggplot2高效实用指南（可视化脚本，工具，套路，配色）简介ggridges。
生信宝典·2024-02-09 21:25

R语言ggplot2：第九章 数据操作

第9章数据操作9.1plyr包简介plyr包中的ddply()函数能够同时在数据的多个子集上做统计汇总。ddply(.data,.variables,.fun,...):data是用来作图的数据，variables是对数据取子集的分组变量，fun是要在各子集上运行的统计汇总函数。subset()用来对数据取子集的函数，选择数据中前n个（x%）个观测值，或者再某个阈值之上或下的观测值。transfo
王叽叽的小心情·2024-02-09 15:45

2.R运行前准备——代码

这是一个很好的起点，但是当您创建更复杂的ggplot2图形和dplyr管道时，您会发现它很快就会变得狭窄。为了给自己更多的工作空间，最好使用Rstudio脚本编辑器。
denghb001·2024-02-09 12:47

ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用

开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作，工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析，简单的可视化还好，有ggplot2就行了。
斗战胜佛oh·2024-02-09 12:52

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复
小明的数据分析笔记本·2024-02-08 08:56

Python数据可视化库之ggplot使用详解

ggplot是一个基于ggplot2的Python数据可视化库，它可以创建精美且高度可定制的图表，以更好地理解和传达数据。
Rocky006·2024-02-07 07:44

基因家族分析（4）：基因家族蛋白质模体鉴定与可视化

本文主要工作使用meme鉴定了SBT家族的蛋白质模体组成对meme鉴定结果进行处理并用ggplot2进行可视化4.蛋白质与基因结构可视化分析4.1蛋白质模体预测ProteinMotif这个概念比较混乱，
逐鸿·2024-02-07 00:27

RNA-seq-Li

李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff
bred·2024-02-06 17:31

R语言学习case12：ggplot 置信区间（多线型）

接上文：多条曲线R语言学习case11：ggplot置信区间（包含多子图）在ggplot2中，每个geom函数都接受一个映射参数。然而，并非每个美学属性都适用于每个geom。
早起CaiCai·2024-02-06 14:12

FigDraw 5. SCI 文章绘图之柱状图 (Barplot)

前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2来作图，这期SCI绘图介绍一下柱状图！
90066456ace6·2024-02-06 13:07

R语言学习case11：ggplot 置信区间（包含多子图）

在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geoms。geom是绘图使用的几何对象，用于表示数据。人们通常通过绘图使用的geom类型来描述图表。例如，柱状图使用bargeoms，折
早起CaiCai·2024-02-06 09:10

ggpubr|让数据可视化更加优雅

ggpubr_cover.jpgggpubr的基础用法指南ggpubr_githubggpubr是由AlboukadelKassambara创建的，基于ggplot2的可视化包。
木舟笔记·2024-02-04 22:23

R语言学习case10：ggplot基础画图Parallel Coordinate Plot 平行坐标图

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5
早起CaiCai·2024-02-04 17:18

ID转换、利用clusterProfiler做GO、KEGG富集分析

首先需要加载的包library(AnnotationHub)library(org.Hs.eg.db)library(clusterProfiler)library(DOSE)#GO分面用library(ggplot2
欧阳松·2024-02-04 10:15

FigDraw 4. SCI 文章绘图之散点图 （Scatter）

基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你72篇原创内容-->公众号前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后有介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2
90066456ace6·2024-02-03 11:30

R语言学习case9：ggplot基础画图（Scatter Metrics 矩阵散点图）

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5
早起CaiCai·2024-02-03 07:45

ggplot2回顾(2): 图层语法入门

library(ggplot2)library(tidyverse)1.散点图mpg%>%ggplot(aes(x=displ,y=hwy,color=as.factor(cyl)))+geom_point
TOP生物信息·2024-02-01 21:20

python 拟合曲线 置信区间_带置信区间的拟合线几种绘制方式-在python和R中的实现 (二)...

首先我们将数据集转变为长数据格式，长格式就是每种类型结束后接着接另一个变量的值，并在另一列中加上该值的类型，格式如下：image.pngimage.pnglibrary(ggplot2)setwd("D
weixin_39535125·2024-02-01 03:56

R语言绘制棒棒糖图

geom_point()函数绘制"糖"的那一部分，geom_segment()函数绘制“棒棒”那一部分，就可轻松绘制出这种图形image基础棒棒糖图横坐标的值可以为数值变量或者分类变量#加载包library(ggplot2
Seurat_·2024-01-31 20:34

R语言输出ppt可编辑的图片

在ggplot2程序包的加持下，R语言可以做出非常漂亮的统计图出来。然而大家是否会有这样的体会，为了做出理想的图片，需要不停的调整作图的参数，包括颜色，字体大小，字体格式，注释的位置，非常麻烦。
Seurat_Satija·2024-01-31 08:55

R语言学习case7：ggplot基础画图（核密度图）

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5
早起CaiCai·2024-01-30 22:00

R语言ggplot2做漂亮的抖动散点图的一个实例

在网上偶然间发现的一个R语言ggplot2做数据可视化的实例，提供数据和代码，今天的推文把代码拆解一下实例数据下载链接https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-temperature-data
小明的数据分析笔记本·2024-01-30 20:40

R语言学习case8：ggplot基础画图（2D密度图）

step1:导入ggplot2库文件library(ggplot2)step2：带入自带的iris数据集iris<-datasets::irisstep3：查看数据信息dim(iris)维度为[150,5
早起CaiCai·2024-01-30 12:53

ggplot2坐标系列的调整

ggplot(kegg_class,aes(x=Description,y=Count))+geom_bar(aes(fill=source),stat="identity",width=0.5,position="dodge")+scale_fill_manual(values=c(up="#ca0020",down="#2b83ba"))+theme_classic()+scale_y_con
吉梗望·2024-01-30 06:02

ggplot2 在 R 中自定义相关热图

R中能绘制相关性热图的包有很多corrplot、corrgram、ggcorrplot等，这些R包都有丰富的功能，但是如果需要对图像进行自定义难免受到他人函数约束，下面介绍如何自定义准备ggplot2需要的相关性数据下载并加载
R语言数据分析指南·2024-01-30 05:22
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