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1-1 GWAS（全基因组关联分析基本概念和材料选择）

先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来

一、概念和理论基础

全基因组关联分析定义

是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型与可观测的性状，即表型，进行群体水平的统计学分析，根据统计量或显著性 P 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异（标记），挖掘与性状变异相关的基因。


1-1 GWAS（全基因组关联分析基本概念和材料选择）_第1张图片

分为两类：

  1. 全基因组水平的关联分析
  2. 已知候选基因的关联分析（用的是候选基因的标记和背景基因的标记）

主要步骤就三步：

  1. 标记开发
  2. 表型考察
  3. 统计分析
关联分析与连锁分析
连锁不平衡

r^2 和 D'

LD 衰减分析

衰减图

LD block

LD 与 GWAS

1-1 GWAS（全基因组关联分析基本概念和材料选择）_第2张图片

二、材料的选择

材料选择

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样本量

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群体类型

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种质资源材料

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人工群体

F2群体


1-1 GWAS（全基因组关联分析基本概念和材料选择）_第7张图片
人工群体优缺点

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动物关联分析材料

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