分子动力学后处理自编程系列(3)---纳米颗粒外基液数密度分布

分子动力学后处理自编程系列(3)---SiO2纳米颗粒外基液数密度分布

  • 1、编程思路
  • 2、计算步骤
    • (1) 读取dump文件
    • (2) 输入计算相关参数
    • (3) 基液粒子位置判断并完成粒子数统计
    • (4) 数密度计算
    • (5) 绘图
  • 3、全部代码

分子动力学后处理自编程系列(3)---纳米颗粒外基液数密度分布_第1张图片

数密度分布同密度分布一样作为一种重要的结构描述参数,在微观研究方法中成为判断局部结构变化的重要手段。本程序利用LAMMPS输出的dump文件,目标在于计算基液原子在距离纳米颗粒表面d埃位置的数密度分布情况。

本程序的优势主要表现在:
输入明确:dump文件(包含Type、mol-ID以及x,y,z)、纳米颗粒的粒径R
计算球形颗粒外数密度:LAMMPS中可以轻易进行分区划分并统计原子数目,进而获得数密度。但是该分区为矩形,本程序针对球形颗粒外区域。

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