python读取nii文件_读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。

import matplotlib

from matplotlib import pylab as plt

import nibabel as nib

from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D

file = '' #你的nii或者nii.gz文件路径

img = nib.load(file)

print(img)

print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件

width, height, queue = img.dataobj.shape

OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

num = 1

for i in range(0, queue, 10):

img_arr = img.dataobj[:,:,i]

plt.subplot(5,4,num)

plt.imshow(img_arr, cmap='gray')

num += 1

plt.show()

补充知识：SimpleITK读取医学图像 .nii 数据(2D显示)

【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK

nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr .img>文件来保存图像的完整信息。

因此，解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式

import SimpleITK as sitk

import skimage.io as io

def read_img(path):

img = sitk.ReadImage(path)

data = sitk.GetArrayFromImage(img)

return data

#显示一个系列图

def show_img(data):

for i in range(data.shape[0]):

io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')

print(i)

io.show()

#单张显示

def show_img(ori_img):

io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray')

io.show()

#window下的文件夹路径

path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'

data = read_img(path)

show_img(data)

img = sitk.ReadImage(path)

#查看图片深度

print(img.GetDepth())

#144 共144张图

#查看Size

print(img.GetSize())

#(512,512,144) 像素：512*512， 144张图片

更多的函数自己去发现

以上这篇读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持脚本之家。