TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

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蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一,在TCGA项目中,广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。

通过该芯片, 能够有效分析多种标记蛋白在样本中的表达量及其变化趋势,是一种经济高效的肿瘤蛋白质组学研究手段。通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据,提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心TCPA, 方便科研工作者查看,分析和可视化蛋白质芯片数据。文章发表在nature methods上,链接如下

https://www.nature.com/articles/nmeth.2650

网站链接如下

http://tcpaportal.org/tcpa/

数据分成了下图所示的两个部分

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心_第1张图片

Patient Cohorts用于查看不同肿瘤样本中的蛋白质芯片数据,Cancer Cell Lines用于查看不同细胞系中的蛋白质芯片数据。这两个模块的结构是类似的,以肿瘤样本中的蛋白芯片数据为例,分成了4大模块

1. summary

这部分展示不同肿瘤中包含的样本个数,蛋白质种类等信息,示意如下

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心_第2张图片

2. My protein

这部分可以查看RPPA芯片上的所有标记蛋白在不同肿瘤中的表达情况,以箱线图进行展示,示意如下

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3. Analysis

这部分展示蛋白芯片的数据分析结果,包含了以下3种分析内容

  1. Correlation Analysis

  2. Differential Analysis

  3. Survival Analysis

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Correlation Analysis表示两种蛋白间的相关性,结果示意如下

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心_第5张图片

Differential Analysis表示差异分析,结果示意如下

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Survival Analysis表示生存分析,结果示意如下

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4. Visualization

包含了以下两种可视化方式

  1. Network  Visualization

  2. Heatmap Visualization

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心_第8张图片

该网站的数据是可以免费下载的

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心_第9张图片

勾选自己需要下载的数据集即可。通过该网站,可以方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。

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