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GEO数据挖掘（2）-GEO数据库

GEO数据库

GEO全称：Gene Expression Omnibus
GEO数据库起先只是为表达芯片数据准备的，后期纳入了各种NGS组学数据，文章里面会给出数据地址，GSE ID号，由此我们就可以进入GEO数据库，进而了解它！
GEO数据挖掘（2）-GEO数据库_第1张图片
如GSE84498:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84498
GEO数据挖掘（2）-GEO数据库_第2张图片

了解4个概念

GEO Platform (GPL)

GEO Sample (GSM)

GEO Series (GSE)

GEO Dataset (GDS)
GEO数据挖掘（2）-GEO数据库_第3张图片

关系

一篇文章可以有一个或者多个GSE数据集，一个GSE里面可以有一个或者多个GSM样本。多个研究的GSM样本可以根据研究目的整合为一个GDS，不过GDS本身用的很少。而每个数据集都有着自己对应的芯片平台，就是GPL。
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