Prokka安装和使用

1.简介

原核生物基因组快速注释——Prokka

Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家 Torsten Seemann开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。
目前常用对基因进行注释的工具有两款：Prokka和RAST。在web of science上RAST引用次数6280次，prokka引用次数3177次，但是prokka内置基因CDS预测工具prodigal的引用次数比RAST内置基因CDS预测工具glimmer多一千多次。同时，可能RAST的在线版本降低了其使用的难度，因此使RAST的引用次数较多。相较之下，选择使用Prokka。
Prokka是一款快速对原核生物基因组进行注释的工具，可以在10分钟内完成对一个细菌基因草图的注释工作。

2. 安装

利用conda安装
原本以为利用conda安装so easy，结果都是坑

首先直接用conda安装

conda install prokka

结果一直卡在Solving environment，一顿google，发现可能的原因：
1.可能是由于未使用国内的镜像源，所以非常的慢
2.可能由于conda是比较低的版本，需要更新
尝试了以上两种方式，都不可

最后解决方法是，先创建一个名为prokka的小环境，然后再在prokka环境中安装prokka

conda create -n prokka
conda install -c bioconda prokka

##启动和退出环境
# To activate this environment, use
#     $ conda activate prokka
# To deactivate an active environment, use
#     $ conda deactivate

BUG
在conda install -c bioconda prokka的过程中安装了很多依赖包，但最后还是报错：

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

解决上述报错的方法是，再一次运行conda install -c bioconda prokka，将之前未安装好的依赖包再次安装，结果就成功了。最后显示如下：

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Retrieving notices: ...working... done

3.使用

prokka genomic.fna --outdir annotation --prefix test --kingdom Bacteria

参数说明：

#usage
Usage:
 prokka [options] 
General:
 --help             This help
 --version          Print version and exit
 --citation         Print citation for referencing Prokka
 --quiet            No screen output (default OFF)
 --debug            Debug mode: keep all temporary files (default OFF)
Setup:
 --dbdir [X]        Prokka database root folders (default '/home6/trainees/miniconda3/db')
 --listdb           List all configured databases
 --setupdb          Index all installed databases
 --cleandb          Remove all database indices
 --depends          List all software dependencies
Outputs:
 --outdir [X]       Output folder [auto] (default '')
 --force            Force overwriting existing output folder (default OFF)
 --prefix [X]       Filename output prefix [auto] (default '') #前缀
 --addgenes         Add 'gene' features for each 'CDS' feature (default OFF)
 --addmrna          Add 'mRNA' features for each 'CDS' feature (default OFF)
 --locustag [X]     Locus tag prefix [auto] (default '')
 --increment [N]    Locus tag counter increment (default '1')
 --gffver [N]       GFF version (default '3')
 --compliant        Force Genbank/ENA/DDJB compliance: --addgenes --mincontiglen 200 --centre XXX (default OFF)
 --centre [X]       Sequencing centre ID. (default '')
 --accver [N]       Version to put in Genbank file (default '1')
Organism details:
 --genus [X]        Genus name (default 'Genus')
 --species [X]      Species name (default 'species')
 --strain [X]       Strain name (default 'strain')
 --plasmid [X]      Plasmid name or identifier (default '')
Annotations:
 --kingdom [X]      Annotation mode: Archaea|Bacteria|Mitochondria|Viruses (default 'Bacteria')
 --gcode [N]        Genetic code / Translation table (set if --kingdom is set) (default '0')
 --prodigaltf [X]   Prodigal training file (default '')
 --gram [X]         Gram: -/neg +/pos (default '')
 --usegenus         Use genus-specific BLAST databases (needs --genus) (default OFF)
 --proteins [X]     FASTA or GBK file to use as 1st priority (default '')
 --hmms [X]         Trusted HMM to first annotate from (default '')
 --metagenome       Improve gene predictions for highly fragmented genomes (default OFF)
 --rawproduct       Do not clean up /product annotation (default OFF)
 --cdsrnaolap       Allow [tr]RNA to overlap CDS (default OFF)