数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据
该数据是我自己下载整理过的数据。
下载日期：2021年7月12日
下载方式：TCGAbiolinks包
数据类型：RData
变量名称：expDataTPM/Counts/FPKM
> ##加载数据，数据对象是一个数据框，变量名称是：expDataTPM
> load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM/TCGA-ACC_RNASeq_TPM.RData")
> head(expDataTPM)[,1:3]
TCGA-OR-A5JJ-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LT-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LH-01A-11R-A29S-07
TSPAN6 57.83159172 64.883481 13.1920993
TNMD 0.05062098 0.000000 0.6890431
DPM1 321.27250899 148.384435 114.2315919
SCYL3 6.57160741 6.687236 7.3564339
C1orf112 2.54046551 3.105887 1.5935638
FGR 2.83865069 2.317543 2.1897053
后台回复：TCGA-RNASeq，下载。
往期文章
一.Linux笔记
Linux笔记【001】| 初识Linux
Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件：MobXterm与FileZilla
Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令
Linux笔记【004】| 文件/文件夹的基本操作命令
Linux笔记【005】| vim编辑器使用教程
Linux笔记【006】| 用户及用户组
Linux笔记【007】| 文件/文件夹属性设置
Linux笔记【008】| 文件系统与文件压缩
Linux笔记【009】| 文本操作神器
Linux笔记【010】| Linux的运行模式与网卡设置
Linux笔记【011】| 腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区
二.R语言语法基础
第01章：R语言简介
第02章：R语言安装和下载
第02章：RStudio的使用教程
第03章：R中的数据
（1）：从存储角度划分
（2）：从结构角度划分(向量）
（3）：从结构角度划分(矩阵）
（4）：从结构角度划分(数组）
（5）：从结构角度划分(数据框）
（6）：从结构角度划分(列表）
（7）：从结构角度划分(因子）
（8）：数据之间的转换
第04章：字符串操作与正则表达式
第05章：判断语句
第06章：循环语句
第07章：操作系统文件
第08章：数据的输入与输出
第09章：数据的预处理与重构(1)
数据的预处理与重构(2)
数据的预处理与重构(3)
第10章：函数
第11章：R中的网络爬虫
第12章：面向对象编程(S3类与S4类）
三.R绘图笔记
01. R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数
02. R绘图笔记 | 一般的散点图绘制
03. R绘图笔记 | 柱状图绘制
04. R绘图笔记 | 直方图和核密度估计图的绘制
05. R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合
06. R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图
07. R绘图笔记 | 箱形图的绘制
08. R绘图笔记 | 小提琴图与漂亮的云雨图绘制
09. R绘图笔记 | 带抖动散点的多数据系列箱型图
10. R绘图笔记 | 热图的绘制
11. R绘图笔记 | 生存曲线的绘制
12. R绘图笔记 | 火山图的绘制
13. R语言数据可视化——解读ggplot2绘图思想视频教程
14. R绘图笔记 | 词云图的绘制
15. R绘图笔记 | GO-BP，GO-MF，GO-CC绘制在同一个柱状图中
四.R与统计
第1章:数据预处理(1)——缺失值处理
第1章:数据预处理(2)——缺失值常用的处理方法
第1章:数据预处理(3)——数据整理
第2章:统计学基础(视频)
第3章:R语言绘图基础(看上一部分文章)
第4章:回归分析(1)——一元回归分析
第4章:回归分析(2)——多元线性回归
第4章:回归分析(3)——变量的选择
第4章:回归分析(4)——logistic回归
第5章:方差分析(1)——单因素方差分析
第5章:方差分析(2)——多因素方差分析
第5章:方差分析(3)——协方差分析
第6章:主成分分析(1)——主成分分析概论
第6章:主成分分析(2)——案例讲解
第7章:因子分析
第8章:判别分析(1)——距离判别法
第8章:判别分析(2)——贝叶斯(Bayes)判别分析
第8章:判别分析(3)——费歇尔(Fisher)判别分析
第9章:聚类分析(1)——动态聚类
第9章:聚类分析(2)——层次聚类
五.文献笔记
001.HOXC11作为一种新的致癌基因在人结肠癌和肾透明细胞癌中发挥作用
002.在基底细胞样乳腺癌中，ANXA4通过与ANXA1相互作用激活JAK-STAT3信号通路
003.ANXA8在胃癌中的预后价值
004.TIMER2.0用于分析肿瘤免疫细胞浸润
005.KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点
006.胰腺导管腺癌的免疫细胞浸润及其临床意义
六.分子对接
01. 分子对接教程 | (1) 软件安装准备
02. 分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体
03. 分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换
04. 分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理
05. 分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理
06. 分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读
07. 分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题
08. 分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果
七.生信在线分析工具
001. 生信工具 | TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，用于免疫细胞浸润分析
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