使用torchinfo工具包来可视化网络结构。
以ResNet18为例
import torchvision.models as models
model = models.resnet18()
print(model)
这时候得到的模型信息输出结果只能得出基础构件的信息,既不能显示出每一层的shape,也不能显示对应参数量的大小。具体结果如下:
ResNet(
(conv1): Conv2d(3, 64, kernel_size=(7, 7), stride=(2, 2), padding=(3, 3), bias=False)
(bn1): BatchNorm2d(64, eps=1e-05, momentum=0.1, affine=True, track_running_stats=True)
(relu): ReLU(inplace=True)
(maxpool): MaxPool2d(kernel_size=3, stride=2, padding=1, dilation=1, ceil_mode=False)
(layer1): Sequential(
(0): Bottleneck(
(conv1): Conv2d(64, 64, kernel_size=(1, 1), stride=(1, 1), bias=False)
(bn1): BatchNorm2d(64, eps=1e-05, momentum=0.1, affine=True, track_running_stats=True)
(conv2): Conv2d(64, 64, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1), bias=False)
(bn2): BatchNorm2d(64, eps=1e-05, momentum=0.1, affine=True, track_running_stats=True)
(conv3): Conv2d(64, 256, kernel_size=(1, 1), stride=(1, 1), bias=False)
(bn3): BatchNorm2d(256, eps=1e-05, momentum=0.1, affine=True, track_running_stats=True)
(relu): ReLU(inplace=True)
(downsample): Sequential(
(0): Conv2d(64, 256, kernel_size=(1, 1), stride=(1, 1), bias=False)
(1): BatchNorm2d(256, eps=1e-05, momentum=0.1, affine=True, track_running_stats=True)
)
)
... ...
)
(avgpool): AdaptiveAvgPool2d(output_size=(1, 1))
(fc): Linear(in_features=2048, out_features=1000, bias=True)
)
# 安装方法一
pip install torchinfo
# 安装方法二
conda install -c conda-forge torchinfo
使用torchinfo.summary()
就行了,必需的参数分别是model,input_size[batch_size,channel,h,w],更多参数可以参考documentation。
一个实例:
import torchvision.models as models
from torchinfo import summary
resnet18 = models.resnet18() # 实例化模型
summary(model, (1, 3, 224, 224)) # 1:batch_size 3:图片的通道数 224: 图片的高宽
=========================================================================================
Layer (type:depth-idx) Output Shape Param #
=========================================================================================
ResNet -- --
├─Conv2d: 1-1 [1, 64, 112, 112] 9,408
├─BatchNorm2d: 1-2 [1, 64, 112, 112] 128
├─ReLU: 1-3 [1, 64, 112, 112] --
├─MaxPool2d: 1-4 [1, 64, 56, 56] --
├─Sequential: 1-5 [1, 64, 56, 56] --
│ └─BasicBlock: 2-1 [1, 64, 56, 56] --
│ │ └─Conv2d: 3-1 [1, 64, 56, 56] 36,864
│ │ └─BatchNorm2d: 3-2 [1, 64, 56, 56] 128
│ │ └─ReLU: 3-3 [1, 64, 56, 56] --
│ │ └─Conv2d: 3-4 [1, 64, 56, 56] 36,864
│ │ └─BatchNorm2d: 3-5 [1, 64, 56, 56] 128
│ │ └─ReLU: 3-6 [1, 64, 56, 56] --
│ └─BasicBlock: 2-2 [1, 64, 56, 56] --
│ │ └─Conv2d: 3-7 [1, 64, 56, 56] 36,864
│ │ └─BatchNorm2d: 3-8 [1, 64, 56, 56] 128
│ │ └─ReLU: 3-9 [1, 64, 56, 56] --
│ │ └─Conv2d: 3-10 [1, 64, 56, 56] 36,864
│ │ └─BatchNorm2d: 3-11 [1, 64, 56, 56] 128
│ │ └─ReLU: 3-12 [1, 64, 56, 56] --
├─Sequential: 1-6 [1, 128, 28, 28] --
│ └─BasicBlock: 2-3 [1, 128, 28, 28] --
│ │ └─Conv2d: 3-13 [1, 128, 28, 28] 73,728
│ │ └─BatchNorm2d: 3-14 [1, 128, 28, 28] 256
│ │ └─ReLU: 3-15 [1, 128, 28, 28] --
│ │ └─Conv2d: 3-16 [1, 128, 28, 28] 147,456
│ │ └─BatchNorm2d: 3-17 [1, 128, 28, 28] 256
│ │ └─Sequential: 3-18 [1, 128, 28, 28] 8,448
│ │ └─ReLU: 3-19 [1, 128, 28, 28] --
│ └─BasicBlock: 2-4 [1, 128, 28, 28] --
│ │ └─Conv2d: 3-20 [1, 128, 28, 28] 147,456
│ │ └─BatchNorm2d: 3-21 [1, 128, 28, 28] 256
│ │ └─ReLU: 3-22 [1, 128, 28, 28] --
│ │ └─Conv2d: 3-23 [1, 128, 28, 28] 147,456
│ │ └─BatchNorm2d: 3-24 [1, 128, 28, 28] 256
│ │ └─ReLU: 3-25 [1, 128, 28, 28] --
├─Sequential: 1-7 [1, 256, 14, 14] --
│ └─BasicBlock: 2-5 [1, 256, 14, 14] --
│ │ └─Conv2d: 3-26 [1, 256, 14, 14] 294,912
│ │ └─BatchNorm2d: 3-27 [1, 256, 14, 14] 512
│ │ └─ReLU: 3-28 [1, 256, 14, 14] --
│ │ └─Conv2d: 3-29 [1, 256, 14, 14] 589,824
│ │ └─BatchNorm2d: 3-30 [1, 256, 14, 14] 512
│ │ └─Sequential: 3-31 [1, 256, 14, 14] 33,280
│ │ └─ReLU: 3-32 [1, 256, 14, 14] --
│ └─BasicBlock: 2-6 [1, 256, 14, 14] --
│ │ └─Conv2d: 3-33 [1, 256, 14, 14] 589,824
│ │ └─BatchNorm2d: 3-34 [1, 256, 14, 14] 512
│ │ └─ReLU: 3-35 [1, 256, 14, 14] --
│ │ └─Conv2d: 3-36 [1, 256, 14, 14] 589,824
│ │ └─BatchNorm2d: 3-37 [1, 256, 14, 14] 512
│ │ └─ReLU: 3-38 [1, 256, 14, 14] --
├─Sequential: 1-8 [1, 512, 7, 7] --
│ └─BasicBlock: 2-7 [1, 512, 7, 7] --
│ │ └─Conv2d: 3-39 [1, 512, 7, 7] 1,179,648
│ │ └─BatchNorm2d: 3-40 [1, 512, 7, 7] 1,024
│ │ └─ReLU: 3-41 [1, 512, 7, 7] --
│ │ └─Conv2d: 3-42 [1, 512, 7, 7] 2,359,296
│ │ └─BatchNorm2d: 3-43 [1, 512, 7, 7] 1,024
│ │ └─Sequential: 3-44 [1, 512, 7, 7] 132,096
│ │ └─ReLU: 3-45 [1, 512, 7, 7] --
│ └─BasicBlock: 2-8 [1, 512, 7, 7] --
│ │ └─Conv2d: 3-46 [1, 512, 7, 7] 2,359,296
│ │ └─BatchNorm2d: 3-47 [1, 512, 7, 7] 1,024
│ │ └─ReLU: 3-48 [1, 512, 7, 7] --
│ │ └─Conv2d: 3-49 [1, 512, 7, 7] 2,359,296
│ │ └─BatchNorm2d: 3-50 [1, 512, 7, 7] 1,024
│ │ └─ReLU: 3-51 [1, 512, 7, 7] --
├─AdaptiveAvgPool2d: 1-9 [1, 512, 1, 1] --
├─Linear: 1-10 [1, 1000] 513,000
=========================================================================================
Total params: 11,689,512
Trainable params: 11,689,512
Non-trainable params: 0
Total mult-adds (G): 1.81
=========================================================================================
Input size (MB): 0.60
Forward/backward pass size (MB): 39.75
Params size (MB): 46.76
Estimated Total Size (MB): 87.11
=========================================================================================
torchinfo提供了更加详细的信息,包括模块信息(每一层的类型、输出shape和参数量)、模型整体的参数量、模型大小、一次前向或者反向传播需要的内存大小等
包括:
卷积核在CNN中负责提取特征,可视化卷积核能够帮助人们理解CNN各个层在提取什么样的特征,进而理解模型的工作原理。
在PyTorch中,可视化卷积核就等价于可视化对应的权重矩阵。
下面以torchvision自带的VGG11模型为例。
import torch
from torchvision.models import vgg11
model = vgg11(pretrained=True)
print(dict(model.features.named_children()))
{'0': Conv2d(3, 64, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'1': ReLU(inplace=True),
'2': MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False),
'3': Conv2d(64, 128, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'4': ReLU(inplace=True),
'5': MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False),
'6': Conv2d(128, 256, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'7': ReLU(inplace=True),
'8': Conv2d(256, 256, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'9': ReLU(inplace=True),
'10': MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False),
'11': Conv2d(256, 512, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'12': ReLU(inplace=True),
'13': Conv2d(512, 512, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'14': ReLU(inplace=True),
'15': MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False),
'16': Conv2d(512, 512, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'17': ReLU(inplace=True),
'18': Conv2d(512, 512, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1), padding=(1, 1)),
'19': ReLU(inplace=True),
'20': MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False)}
conv1 = dict(model.features.named_children())['3']
kernel_set = conv1.weight.detach()
num = len(conv1.weight.detach())
print(kernel_set.shape)
for i in range(0,num):
i_kernel = kernel_set[i]
plt.figure(figsize=(20, 17))
if (len(i_kernel)) > 1:
for idx, filer in enumerate(i_kernel):
plt.subplot(9, 9, idx+1)
plt.axis('off')
plt.imshow(filer[ :, :].detach(),cmap='bwr')
torch.Size([128, 64, 3, 3])
由于第“3”层的特征图由64维变为128维,因此共有128*64个卷积核,其中部分卷积核可视化效果如下图所示:
与卷积核相对应,输入的原始图像经过每次卷积层得到的数据称为特征图,可视化卷积核是为了看模型提取哪些特征,可视化特征图则是为了看模型提取到的特征是什么样子的。
获取特征图的方法有:
class Hook(object): # 实现了一个hook类
def __init__(self):
self.module_name = []
self.features_in_hook = []
self.features_out_hook = []
def __call__(self,module, fea_in, fea_out):
print("hooker working", self)
self.module_name.append(module.__class__)
self.features_in_hook.append(fea_in)
self.features_out_hook.append(fea_out)
return None
def plot_feature(model, idx, inputs):
hh = Hook()
model.features[idx].register_forward_hook(hh)
# forward_model(model,False)
model.eval()
_ = model(inputs)
print(hh.module_name)
print((hh.features_in_hook[0][0].shape))
print((hh.features_out_hook[0].shape))
out1 = hh.features_out_hook[0]
total_ft = out1.shape[1]
first_item = out1[0].cpu().clone()
plt.figure(figsize=(20, 17))
for ftidx in range(total_ft):
if ftidx > 99:
break
ft = first_item[ftidx]
plt.subplot(10, 10, ftidx+1)
plt.axis('off')
#plt.imshow(ft[ :, :].detach(),cmap='gray')
plt.imshow(ft[ :, :].detach())
首先实现了一个hook类,之后在plot_feature函数中,将该hook类的对象注册到要进行可视化的网络的某层中。model在进行前向传播的时候会调用hook的__call__函数,我们也就是在那里存储了当前层的输入和输出。这里的features_out_hook 是一个list,每次前向传播一次,都是调用一次,也就是features_out_hook 长度会增加1。
class activation map (CAM)的作用是判断哪些变量对模型来说是重要的,在CNN可视化的场景下,即判断图像中哪些像素点对预测结果是重要的。
除了确定重要的像素点,人们也会对重要区域的梯度感兴趣,因此在CAM的基础上也进一步改进得到了Grad-CAM(以及诸多变种)。CAM和Grad-CAM的示例如下图所示:
CAM系列操作的实现可以通过开源工具包pytorch-grad-cam来实现。
pip install grad-cam
import torch
from torchvision.models import vgg11,resnet18,resnet101,resnext101_32x8d
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np
model = vgg11(pretrained=True)
img_path = './dog.jpg'
# resize操作是为了和传入神经网络训练图片大小一致
img = Image.open(img_path).resize((224,224))
# 需要将原始图片转为np.float32格式并且在0-1之间
rgb_img = np.float32(img)/255
plt.imshow(img)
from pytorch_grad_cam import GradCAM,ScoreCAM,GradCAMPlusPlus,AblationCAM,XGradCAM,EigenCAM,FullGrad
from pytorch_grad_cam.utils.model_targets import ClassifierOutputTarget
from pytorch_grad_cam.utils.image import show_cam_on_image
target_layers = [model.features[-1]]
# 选取合适的类激活图,但是ScoreCAM和AblationCAM需要batch_size
cam = GradCAM(model=model,target_layers=target_layers)
targets = [ClassifierOutputTarget(preds)]
# 上方preds需要设定,比如ImageNet有1000类,这里可以设为200
grayscale_cam = cam(input_tensor=img_tensor, targets=targets)
grayscale_cam = grayscale_cam[0, :]
cam_img = show_cam_on_image(rgb_img, grayscale_cam, use_rgb=True)
print(type(cam_img))
Image.fromarray(cam_img)
FlashTorch。
(注:使用中发现该package对环境有要求,如果下方代码运行报错,请参考配置或者Colab运行环境
pip install flashtorch
# Download example images
# !mkdir -p images
# !wget -nv \
# https://github.com/MisaOgura/flashtorch/raw/master/examples/images/great_grey_owl.jpg \
# https://github.com/MisaOgura/flashtorch/raw/master/examples/images/peacock.jpg \
# https://github.com/MisaOgura/flashtorch/raw/master/examples/images/toucan.jpg \
# -P /content/images
import matplotlib.pyplot as plt
import torchvision.models as models
from flashtorch.utils import apply_transforms, load_image
from flashtorch.saliency import Backprop
model = models.alexnet(pretrained=True)
backprop = Backprop(model)
image = load_image('/content/images/great_grey_owl.jpg')
owl = apply_transforms(image)
target_class = 24
backprop.visualize(owl, target_class, guided=True, use_gpu=True)
import torchvision.models as models
from flashtorch.activmax import GradientAscent
model = models.vgg16(pretrained=True)
g_ascent = GradientAscent(model.features)
# specify layer and filter info
conv5_1 = model.features[24]
conv5_1_filters = [45, 271, 363, 489]
g_ascent.visualize(conv5_1, conv5_1_filters, title="VGG16: conv5_1")
TensorBoard作为一款可视化工具能够满足日常可视化需求。TensorBoard由TensorFlow团队开发,最早和TensorFlow配合使用,后来广泛应用于各种深度学习框架的可视化中来。
在已安装PyTorch的环境下,使用pip安装即可:
pip install tensorboardX
也可以使用PyTorch自带的tensorboard工具,此时不需要额外安装tensorboard。
TensorBoard可以记录模型每一层的feature map,权重,以及训练loss等等,保存在一个用户指定的文件夹里,程序不断运行中会不断记录。记录下的内容可以通过网页的形式加以可视化。
在使用TensorBoard前,先指定一个文件夹供TensorBoard保存记录下来的数据。然后调用tensorboard中的SummaryWriter作为上述“记录员”
from tensorboardX import SummaryWriter
writer = SummaryWriter('./runs')
上面的操作实例化SummaryWritter为变量writer,并指定writer的输出目录为当前目录下的"runs"目录。也就是说,之后tensorboard记录下来的内容都会保存在runs。
如果使用PyTorch自带的tensorboard,则采用如下方式import:
from torch.utils.tensorboard import SummaryWriter
此外,可以手动往runs文件夹里添加数据用于可视化,或者把runs文件夹里的数据放到其他机器上可视化。
启动tensorboard也很简单,在命令行中输入
tensorboard --logdir=/path/to/logs/ --port=xxxx
其中path/to/logs/
是指定的保存tensorboard记录结果的文件路径(等价于上面的“./runs",port是外部访问TensorBoard的端口号,可以通过访问ip:port访问tensorboard,这一操作和jupyter notebook的使用类似。如果不是在服务器远程使用的话则不需要配置port。
为了tensorboard能够不断地在后台运行,可以使用nohup命令或者tmux工具来运行tensorboard。
下面,我们将模拟深度学习模型训练过程,来介绍如何利用TensorBoard可视化其中的各个部分。
首先定义模型:
import torch.nn as nn
class Net(nn.Module):
def __init__(self):
super(Net, self).__init__()
self.conv1 = nn.Conv2d(in_channels=3,out_channels=32,kernel_size = 3)
self.pool = nn.MaxPool2d(kernel_size = 2,stride = 2)
self.conv2 = nn.Conv2d(in_channels=32,out_channels=64,kernel_size = 5)
self.adaptive_pool = nn.AdaptiveMaxPool2d((1,1))
self.flatten = nn.Flatten()
self.linear1 = nn.Linear(64,32)
self.relu = nn.ReLU()
self.linear2 = nn.Linear(32,1)
self.sigmoid = nn.Sigmoid()
def forward(self,x):
x = self.conv1(x)
x = self.pool(x)
x = self.conv2(x)
x = self.pool(x)
x = self.adaptive_pool(x)
x = self.flatten(x)
x = self.linear1(x)
x = self.relu(x)
x = self.linear2(x)
y = self.sigmoid(x)
return y
model = Net()
print(model)
输出如下:
Net(
(conv1): Conv2d(3, 32, kernel_size=(3, 3), stride=(1, 1))
(pool): MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2, padding=0, dilation=1, ceil_mode=False)
(conv2): Conv2d(32, 64, kernel_size=(5, 5), stride=(1, 1))
(adaptive_pool): AdaptiveMaxPool2d(output_size=(1, 1))
(flatten): Flatten(start_dim=1, end_dim=-1)
(linear1): Linear(in_features=64, out_features=32, bias=True)
(relu): ReLU()
(linear2): Linear(in_features=32, out_features=1, bias=True)
(sigmoid): Sigmoid()
)
给定一个输入数据,前向传播后得到模型的结构,再通过TensorBoard进行可视化,使用add_graph:
writer.add_graph(model, input_to_model = torch.rand(1, 3, 224, 224))
writer.close()
展示结果如下(其中框内部分初始会显示为“Net",需要双击后才会展开):
当我们做图像相关的任务时,可以方便地将所处理的图片在tensorboard中进行可视化展示。
这里我们使用torchvision的CIFAR10数据集为例:
import torchvision
from torchvision import datasets, transforms
from torch.utils.data import DataLoader
transform_train = transforms.Compose(
[transforms.ToTensor()])
transform_test = transforms.Compose(
[transforms.ToTensor()])
train_data = datasets.CIFAR10(".", train=True, download=True, transform=transform_train)
test_data = datasets.CIFAR10(".", train=False, download=True, transform=transform_test)
train_loader = DataLoader(train_data, batch_size=64, shuffle=True)
test_loader = DataLoader(test_data, batch_size=64)
images, labels = next(iter(train_loader))
# 仅查看一张图片
writer = SummaryWriter('./pytorch_tb')
writer.add_image('images[0]', images[0])
writer.close()
# 将多张图片拼接成一张图片,中间用黑色网格分割
# create grid of images
writer = SummaryWriter('./pytorch_tb')
img_grid = torchvision.utils.make_grid(images)
writer.add_image('image_grid', img_grid)
writer.close()
# 将多张图片直接写入
writer = SummaryWriter('./pytorch_tb')
writer.add_images("images",images,global_step = 0)
writer.close()
依次运行上面三组可视化(注意不要同时在notebook的一个单元格内运行),得到的可视化结果如下(最后运行的结果在最上面):
TensorBoard可以用来可视化连续变量(或时序变量)的变化过程,通过add_scalar实现:
writer = SummaryWriter('./pytorch_tb')
for i in range(500):
x = i
y = x**2
writer.add_scalar("x", x, i) #日志中记录x在第step i 的值
writer.add_scalar("y", y, i) #日志中记录y在第step i 的值
writer.close()
可视化结果如下:
如果想在同一张图中显示多个曲线,则需要分别建立存放子路径(使用SummaryWriter指定路径即可自动创建,但需要在tensorboard运行目录下),同时在add_scalar中修改曲线的标签使其一致即可:
writer1 = SummaryWriter('./pytorch_tb/x')
writer2 = SummaryWriter('./pytorch_tb/y')
for i in range(500):
x = i
y = x*2
writer1.add_scalar("same", x, i) #日志中记录x在第step i 的值
writer2.add_scalar("same", y, i) #日志中记录y在第step i 的值
writer1.close()
writer2.close()
这里也可以用一个writer,但for循环中不断创建SummaryWriter不是一个好选项。此时左下角的Runs部分出现了勾选项,我们可以选择我们想要可视化的曲线。曲线名称对应存放子路径的名称(这里是x和y)。
这部分功能非常适合损失函数的可视化,可以帮助我们更加直观地了解模型的训练情况,从而确定最佳的checkpoint。左侧的Smoothing滑动按钮可以调整曲线的平滑度,当损失函数震荡较大时,将Smoothing调大有助于观察loss的整体变化趋势。
当我们需要对参数(或向量)的变化,或者对其分布进行研究时,可以方便地用TensorBoard来进行可视化,通过add_histogram实现。下面给出一个例子:
import torch
import numpy as np
# 创建正态分布的张量模拟参数矩阵
def norm(mean, std):
t = std * torch.randn((100, 20)) + mean
return t
writer = SummaryWriter('./pytorch_tb/')
for step, mean in enumerate(range(-10, 10, 1)):
w = norm(mean, 1)
writer.add_histogram("w", w, step)
writer.flush()
writer.close()
对于TensorBoard来说,它的功能是很强大的,可以记录的东西不只限于本节所介绍的范围。
主要的实现方案是构建一个SummaryWriter,然后通过add_XXX()
函数来实现。
其实TensorBoard的逻辑还是很简单的,它的基本逻辑就是文件的读写逻辑,写入想要可视化的数据,然后TensorBoard自己会读出来。
datawhalechina/thorough-pytorch
cnn可视化与理解(1)—cnn每一层在找什么
基于pytorch可视化alexnet卷积核和特征图
pytorch-grad-cam
flashtorch
TensorBoard可视化