多模态医学图像数据集

多模态医学图像数据集

参考博客：
数据集:一文道尽医学图像数据集与竞赛
医学影像系列：一 数据集合集 最新最全
医学图像数据集汇总
医学影像数据集集锦
医学影像开源数据集

脑的数据一般可以多模态，MRI-T1/T2 etc, CT/MRI，单独的配准图像应该很难找，一般是找分割的多模态图像。

上海交通MedMNIST

10 datasets, single modal, classification task
Link：https://arxiv.org/pdf/2010.14925.pdf

MedPix

更多侧重于疾病，目前没有找到合适的多模态配准的数据集
Link：https://medpix.nlm.nih.gov/home

ISBI challenge

1、domain adaptation做分割(242个病人，图像数目前未知，两种模态ceT1/hrT2，都有segmentation label，配准后能评估dice)，图像如下图所示：前两列为两个模态，第三列是label示意，目前还没申到数据集，根据数据集描述在两个模态上都有segmentation label，3D数据

其他有用的信息：给了affine的file，在后面跑affine baseline的时候学出来的affine matrix可以和它做一个比较，能够看affine效果
目前的担忧：感觉形变不是很大，所以可能无法体现deformable优势
数据集链接
数据集详细信息
已下载

2、head and neck cancer的分割
330 patients PET/CT 3D数据 multi-center 两个模态都有segmentation的label
目前的担忧：PET和CT的模态gap可能会偏大
数据集链接
PS: 需要sign agreement，已下载

3、BraTS 2021 肿瘤的分类 主要数据集之一
这个数据集扫了不同序列的MRI(描述里面写的4个，文章中给的图是3个)，示意图如下：2000 cases (2020年 660 cases)

数据集链接
benchmark-paper
PS：kaggle上的是分类的，分割的目前只release了训练数据，无ground truth的validation已release，已下载

4、iSeg 婴儿白质灰质脑脊液分割
T1/T2两个模态，数据示意图如下：39 patients label情况待定（申到数据）

数据集链接
PS：需要sign agreement，已下载

Other

1、CHAOS 主要数据集之一
40 CT
40 MRI（T1-Dual, T2 SPIR）
label for dice

数据集链接 已下载

2、TCGA-LIHC CT/MRI/PET liver
无label，质量好标一下用，质量不好就不用了
数据集链接 已下载

3、MMWHS CT/MRI heart
120 MRI/CT images，示意图如下：

数据集链接
等待回复

4、OASIS 多模态MRI
2000 MR sessions which include T1w, T2w, FLAIR, ASL, SWI, time of flight, resting-state BOLD, and DTI sequences.(申到数据集后看下是否有不同模态的pair)

数据集链接
已有权限，下载遇到error

Paper中看到的

1、Vanderbilt Database
CT/MR and PET/MR
human head data
A tool (windows or linux) given to convert the RIRE images to DICOM format

数据集链接 已下载

2、ANDI数据集
MRI/PET 已有下载权限，还未想好下载哪些

数据集链接

3、
http://www.visceral.eu 无法进入
JSSR？没有release
MRBrainS https://mrbrains18.isi.uu.nl/ http://mrbrains13.isi.uu.nl/ 等待回复
《Unsupervised Deformable Registration for Multi-Modal Images via Disentangled Representations》合成的有没有release? 没有release