学习笔记｜fmri_1 任务态 SPM数据分析 部分概念理解

1 拿到数据，后缀是IMA格式

什么意思，以及如何打开，和分析软件提到的DICOM有什么区别？
参考链接：http://restfmri.net/forum/node/2366

2 图像分类 Dcm2AsiszImg

软件链接: https://pan.baidu.com/s/1_tlOu0PEMn2Wuzms6lJwPQ 密码: r0ts

选择文件夹，不用到最小的子文件夹，初始文件夹就可以

点图像分类，就生成最开始的DICOM文件了
【感谢姐妹】

原始文件，无后缀

转换后文件类型，而且有分类

更新一个问题和解决步骤

问题：补了一批数据，再次进行数据分类的时候，显示无DICOM数据，或者直接显示分类完成，正常需要20min。
纠错的试错步骤

1. 是否只能把数据放在本地？数据在硬盘上，用同学电脑试的时候发现复制到本地可以跑（其实是路径原因）。—— A：在本地和在硬盘上无所谓。
2. DIC2IMG是否需要管理员模式打开？——A：无用，仍无法分类。
3. 查看两批数据：数据大小、空间占用、可读模式等均无差异。
4. 正确原因：文件夹命名 —— A：命名最好不要有空格和中文。新的数据文件夹末尾有一个空格导致了这个问题

3 SPM 教程笔记

目前刷的是下面这个教程，音质不太好，但是内容比较解惑
https://www.bilibili.com/video/BV1Vt411c7D5?p=5

P5 processing 原理

1. 文件夹里每一个数据代表什么意思：文件夹里的数据有很多很多个，那么单个数据是每2s扫描的一张全脑。是4维数据，三维是脑的立体结构，xyz，第四维是时间维度，～2s。
   
2. slice timing：假设2s收40张脑切片，然后组成全脑的影像，分析的时候，我们是要把2s内扫描的脑影像当作完全是在同一时间点扫描的。那么可以看到，一个全脑中，第一张是在0s的时候扫的，最后一张是在第2s的时候扫的，只是后面组在一起。所以最大会存在2s的时间差。
   
   补充：https://wenku.baidu.com/view/3ca0d0007f1922791788e890.html 可以看一下文档里讲解slice timing 最后提到的扫描顺序的内容，先做slice timing 还是realign 要看是怎么扫描的
3. Realign（motion collection，头动）：可以理解为下图右侧那一排图片，比较图像边缘或者轮廓差异，算被试的头动幅度。
   • 如果算平移，那么位移 > 1 voxel ，考虑丢掉数据。
   • 如果算旋转，rotation，那么 > 1 度，考虑丢掉
     
4. normalization 空间标准化
   • 为什么做这个步骤，因为每个人的头型都不一样，所以要把每个被试的头经过拉伸或者压缩，保持空间上的一致性。为了方便group analysis
   • MNI： 大脑标准化的空间坐标
     
5. smoothing
   • 好处：可以让数据更趋近于正态分布（normal distribution），因为后面做统计，比如GLM，前提都是要求数据正态。
   • 注，一般是voxel的两倍【不很理解，先记录一下】