fmri|学习笔记 1st level analysis和xjview

1st level 操作步骤

1. 点击 Specify 1st level
2. 点击 Directory，选择存SPM.mat 的路径（跑完1st会储存一个SPM.mat 用于后续估计estimate）
3. Units for design——选择seconds，我的设计是事件相关，不是block，每个block不同的设置条件时，可以选择Scans
4. Interscan interval，扫一个全脑的时间，看收集数据的核磁仪器的参数。这里填1s
5. Data&Design —— Subject/Session 对应自己具体的实验设计，比如扫了两个Block，一个block10min，第一个block让被试左手反应，第二个右手。
   • Scans Block1的扫描数据（如，426个files）
   • Conditions，条件命名name，用来提示自己这个condition是做什么——修改onsets，实验设计中每个试次开始的时间——修改duration，如左手从刺激开始到做反应的反应时。 第二个condition类似操作，修改scans导入的files，onsets和duration。
     注：增加condition的方法，点击conditions，选择下方Duplicate。
6. 全部选择完后，绿色三角run
   步骤1
   
   步骤2
   
   步骤3
   
   步骤5
   
   
   图为duration时间，注：onsets最好是以s为单位，整数

Estimate操作步骤.

点击Menu——Estimate
只用修改Select SPM.mat，选择刚才存储SPM的路径，打开文件。——绿色三角，run

看结果

点击Results

1. 选择SPM,mat文件
   
2. 出现下图，右侧的矩阵为刚才1st level跑出来的任务设置矩阵。
   点击Define new contrast
   
3. 选择想看的 ，如【1 -1】 表示第一个block和第二个block相减，如果是是【0 1】，表示想看第二个block的激活。
   注：数字之间要空格！！否则箭头指着的小灰方块不会动，也就是你没选中想要对比的实验条件。
   输入完成后——submit——OK
   返回上一界面，双击设置的条件或点击Done都可打开结果界面
   
4. 结果如下图，选一下p值之类的
   apply masking——none
   p value 选择none，自己选择p值，如0.001
   注：FWE为多重比较矫正
   
5. 结果如图，下方表为显著的cluster
   

关于如何知道脑区是哪

感谢课题组小伙伴，用matlab的xjview工具包。感兴趣去看一下怎么用。
路径设置和SPM设置搞好后，命令行输入xjview
打开如下

试着打开一个contrast的结果，点击File，在刚才设置contrast的路径下会有自动生成的文件。点击打开，效果如下图。

点击右侧选择脑区位置
下方会显示是什么脑区