卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 4/6 group ICA与 Q&A

卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 4/6 group ICA与 Q&A

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一、independent component analysis

独立成分分析来源于“鸡尾酒会”的议题（a cocktail-party problem）

Q：能否从不同位置角度收集到的麦克风输入信息（mixed data）来反推出酒会上speaker各自在讲什么？

同理，rs-fMRI揭示的每一个vixel或者脑区的变化都是所有networks共同contribute的结果，ICA可以让我们反推出每一个brain network的情况

二、 gift是什么？

gift主要用来分析grou ICA，界面比较简洁，主要用到的是“setup ICA analysis”，“Run Analysis”和“Display GUI”三个button
1.下载gift toolbox
地址：https://trendscenter.org/software/gift/
2.打开gift

二、使用步骤

1.Setup ICA Analysis

现在根目录下新建一个文件夹，如gica

点击setup ICA analysis后，选取output文件夹，即新建的gica
保证底下的Directories selected：1

进入参数设定的窗口

enter name（Prefix）–设定前缀，可以设为g

is your data stored in one group folder?–No
选定subject的个数和session个数
手动选取文件–要选取sw开头的文件（smooth之后的文件）

estimate the number of IC–NO
Number of IC–20（通常情况下用20较好）
其余参数一般不需要修改
最后按下‘Done’ button

gica文件夹
文件夹中会出现一些文件，包含了一些参数设定的文件

2. Run Analysis

选取上一步骤生成的.mat文件，按‘OK’ button

如果想要运行得更快，则选取maximize performance
（根据实际情况进行选取）

3. Display GUI

跑完上一步后会自动生成结果的GUI，也可以自行点选Display GUI来打开

component
从group的角度整体看IC
subject
从单个subject的角度整体看IC

display default
可以调整视窗参数，如image per figure（设为1则只显示一个IC，会比较清楚）, anatomical plane(axial常用)，sclice range