毒鸡蛋
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R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

  • 背景介绍
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      • 1. 读取 TPM 表达矩阵数据，或表型数据
      • 2. 数据处理
      • 3. 加载需要的包，数据
      • 4. 读取基因列表，得到免疫细胞对应的特异的基因
      • 5. ssgsea分析
      • 6. 富集分数画热图
  • 结果
  • 参考

背景介绍

单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，计算每个样本和基因集配对的富集分数。每个ssGSEA富集评分代表了样本中特定基因集的成员被协调上调或下调的程度

代码

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