jupyter notebook配置-解决Anaconda虚拟环境中iRkernel连接失败的问题

iRkernel连接失败：

做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。Seurat要求R语言版本不低于4.0，但我的集群服务器上只有R 3.6.0，而且我没有管理员权限，无法直接升级服务器上R的版本。因此，我创建了一个R 4.1.1的Anaconda虚拟环境，并安装了jupyter notebook和jupyter iRkernel（安装方法参考这篇），希望从笔记本浏览器打开jupyter notebook编辑运行R。

从本地成功连接服务器并打开jupyter notebook界面，已经可以创建R语言的notebook。
不幸的是，新创建的R notebook一直显示“内核正在启动，请等待”，稍后又显示“连接失败”，无法运行R语言。

---

原因分析：

查看此时的控制台，即查看jupyter notebook命令运行的输出，发现打开新创建的R notebook后，出现该报错：

Error: package ‘digest’ was installed before R 4.0.0: please re-install it
Execution halted

提示重新安装’digest’包。
因此我在终端进入R语言，在虚拟环境中重装’digest’包。

---

R语言装包路径修改

用.libPaths() 查看R包的默认安装位置，发现并没有定位在虚拟环境，因此创建/修改.Rprofile，将路径限定在虚拟环境（参考：如何永久改变R中 .libPaths()？）。一定要永久改变，用.libPaths()命令临时修改不能解决问题。
由于不知道如何修改虚拟环境的.Rprofile（与该stack overflow题主同病相怜），我直接在jupyter的默认工作路径创建了.Rprofile，写上虚拟环境的R语言装包路径：

$cat .Rprofile
.libPaths('.../.../Anaconda/envs/seurat4/lib/R/library')

进入R语言，查看libPaths，已经是设定的虚拟环境路径，安装’digest’包：

> .libPaths()
[1] "/.../.../.../Anaconda/envs/seurat4/lib/R/library"
> install.packages('digest')

安装成功，退出R。

---

连接成功：

重启jupyter notebook，打开R notebook，可以运行R代码啦！

---