MONAI（Medical Open Network of AI）环境搭建以及官方例程

MONAI – Medical Open Network of AI

简单介绍

• 官网：https://monai.io/
• API 文档：https://monai.readthedocs.io/en/latest/
• GitHub：https://github.com/Project-MONAI/MONAI

MONAI 是一个基于 pytorch 的深度学习开源框架，主要用于医疗成像领域。它最初是由 NVIDIA 和伦敦国王学院发起的项目，旨在建立一个用于医疗成像领域的跨学术、企业和临床研究人员的 AI 实战社区。特点为：

• 开源
  MONAI 是一个基于 PyTorch 架构的开源项目，并根据 Apache 2.0 许可发布。
• 标准化
  旨在为医疗研究人员提供 AI 开发的最佳体验，并专注于医学成像。
• 用户友好
  提供易于用户理解的错误提示和易于编程的API接口。
• 可重现
  提供研究实验的可重复性，以便与最新的研究进行比较。
• 易于集成
  设计为与现有的工作兼容，并且易于与第三方各种组件相互集成。
• 高质量
  提供用于企业级开发的高质量软件，入门指南以及文档资料。

环境配置

如果已有 pytorch 环境，可直接安装 monai 注：torch 版本需 >= 1.4。

安装当前发布版本：
pip install monai

从源码安装：
pip install git+https://github.com/Project-MONAI/MONAI#egg=MONAI

若从头开始配置环境，可参考以下步骤：
注：该教程所使用环境为 WIN10 + Anaconda3 + Python3.6 + cuda9.2/10.2

使用 anaconda 建立新环境

具体步骤在此就不再赘述，提供一些链接以供参考：
Anaconda 环境的查看和管理可参考博客Anaconda 查看、创建、管理和使用python环境
建立一个名为 env_monai 的 python3.6 环境

conda create --name env_monai python=3.6

在 powershell 中激活环境

conda activate env_monai

激活后使用 conda info --env 命令查看一下是否激活，若激活失败，请参考：
PowerShell 中激活anaconda的虚拟python环境

安装 pytorch

官网链接：https://pytorch.org/
安装指令：
cuda9.2

conda install pytorch torchvision cudatoolkit=9.2 -c pytorch -c defaults -c numba/label/dev

cuda10.2

conda install pytorch torchvision cudatoolkit=10.2 -c pytorch

安装 monai

pip install monai

安装 ignite

由于该例程需要使用到 ignite ，所以需安装。

conda install ignite -c pytorch

可参考：Pytorch-error

安装 jupyter

例程源码都是以 notebook 形式给出的

conda install jupyter

例程运行

从 github 上 clone 源码到本地

git clone https://github.com/Project-MONAI/MONAI

使用 powershell 定位到 clone 到本地的工程的路径 MONAI\examples\notebooks 之下

cd ..\MONAI\examples\notebooks\

使用命令在当前文件下运行Jupyter Notebook
注：在使用jupyter期间，请勿关闭该 powershell 窗口

jupyter notebook

---

电脑会在浏览器中打开 Jupyter Notebook

---

点击打开 multi_gpu_test.ipynb 文件

点击运行，查看结果：

---

第一个代码段将输出一些版本信息

---

第二个代码段输出一些运行参数

---

到此环境配置完成