Mac下UMLS配置以及QuickUMLS项目使用方法(windows和Linux类似)

Mac下UMLS配置以及QuickUMLS项目使用方法(windows和Linux类似)

UMLS配置

链接: UMLS下载地址(使用信息，接口等都在这里找).

点击Full Release后会让你申请许可，提交申请后，大概要等一到三个工作日。
下载并解压完后得到如下图文件。

文件中，需要对mmsys.zip进行解压，但mmsys.zip解压完不能消失，也就是解压完还得存在mmsys.zip这个文件（所以解压之前最好复制一个mmsys.zip，最好名字不能变）。解压的内容不能单独创一个文件夹放在图片所显示的目录，解压的内容必须放在和release.dat mmsys.zip同一级的地方，run_mac.command是Mac电脑运行软件的地方，window64位系统是使用run64.bat，Linux使用run_linux.sh。
运行软件之后还有配置环节，详情见
MetamorphoSys Help

配置完以后会生成一个META文件夹，在软件里直接open就行，注意，所搜索的词必须存在，并且拼写正确才能运行。
下图是运行结果。

QuickUMLS配置

UMLS本身是一个可以快速查询医疗名称的软件，QuickUMLS是一个调用UMLS数据库，能用更短时间返回结果的开源项目。https://github.com/Georgetown-IR-Lab/QuickUMLS

按照里面的readme配置即可，需要注意的是这一切命令都是在QucikUMLS文件夹路径下的终端内输入的（即windows下的cmd里输入），直接在PyCharm里的Terminal里输入也行。
上图中还需注意红线内的配置命令。

python -m quickumls.install  

umls_installation_path就是上文所提到的META文件路径,QuickUMLS通过META文件给自己新生成的一个数据集，destination_path就是这个数据集将要存放的位置。
这里举一个命令例子。

python -m quickumls.install /Volumes/10/umls5/2020AB/META /Users/apple/Desktop/quickumls

Mac用户需要注意，如果你电脑有多个分区，你最好要把destination_path设在一个快的分区，放在慢的分区很可能发生死锁。
QuickUMLS - githubmemory

这里createrfang用户的发言给了我很大的启示。

由于上图的描述。
我们还需要在源代码处进行一定的更改。

“#”之后的原本的代码，“#”之前的是我们要改成的代码。

测试

k接受是一个复杂的数据结构，包含了匹配结果与匹配相似度。
测试源码如下。

from quickumls import QuickUMLS
matcher = QuickUMLS('/Users/apple/Downloads/QuickUMLS-master/umlsdata')
text = "hungry"
k=matcher.match(text, best_match=True, ignore_syntax=False)
print("执行成功，结果看调试页面")

结语

多看官网和readme。