Nifti1Image需要掌握的一些点

Nifti1Image图像可以用nibabel或者SimpleITK来读。
用nibabel读取的时候，可以把image.nii文件读到image中，img是nibabel.nifti1.Nifti1Image类型的。一个nibabel.nifti1.Nifti1Image类型的数据包含三个主要的部分——image data array，这是存放图像数据的矩阵，an affine array定义了图像数据在参考空间的位置，image metadata存放图像的一些属性信息，采集设备名称，体素的大小，扫描层数等等。
image data array虽然存储了每个体素的取值信息，但是并没有存储位置信息。也就是说我们并不知道某个体素来自一个部位具体的位置，affine数组定义了一个从iamge data array到标准的参考空间的映射，每个体素经过这个数组映射后都会到一个标准的参考空间，在这个标准的参考空间中，我们精确地知道每个体素所处的位置

利用nibabel读取img

import nibabel as nib
path = r'nifti1Image文件所在的路径'
img = nib.load(path)
img_data = np.array(img.get_fdata())  # image data array
img_affine = img.affine  # iamge affine array
# 保存x，y，z三个方向上的分辨率
pix_dimx = img.header.structarr['pixdim'][1]
pix_dimy = img.header.structarr['pixdim'][2]
pix_dimz = img.header.structarr['pixdim'][3]

利用SimpleITK读取img

import SimpleITK as sitk
path = r'nifti1Image文件所在的路径'
img = sitk.ReadImage(path)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)