DLKcat开发细则（自用）

数据预处理

DLKcat模型开发相关内容从代码层面来看有如下几个代码较为重要，

preprocess文件是预处理部分，这部分内容是将数据集中的Smlies和Sequence进行编码并存入一个npy文件中，后在模型的训练（或者预测）阶段，读取这部分保存的内容。具体的运行流程如下所示。

数据集的内容

这里我们可以看出数据集所包含的内容，所包含的是1W7千多个的字典，可以通过读取字典的方式去取出其中的内容。


读取Kcat的文件，smiles就是数据中每个字典所包含的Smiles，sequence就是数据中每个字典包含的Sequence，Kcat是数据中每个字典所含的Value值，这样我们便得到了所需要处理的数据。

原子编码

第一步是将mol模型通过rdkit的包解析出来，这里添加了H元素，因为数据集中smiles都是不考虑手性且不含H元素的。

mol = Chem.AddHs(Chem.MolFromSmiles(smiles))

#打印mol
# mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# Draw.ShowMol(mol, size=(500, 500), kekulize=False)

通过打印出来的小分子图我们可以比较直观的看出，这个小分子含有，6个O元素，12个H元素和6个C元素。其中，每个与每个原子相连接的部分称为化学键。后续有提取元素并编码，和提取化学键并编码的代码，因此在此做一些说明。
原子编码的代码：

atoms = create_atoms(mol)

create_atoms是自己定义的模块，如下所示：

def create_atoms(mol):
    """Create a list of atom (e.g., hydrogen and oxygen) IDs
    considering the aromaticity."""
    # atom_dict = defaultdict(lambda: len(atom_dict))
    atoms = [a.GetSymbol() for a in mol.GetAtoms()]#获得原子
    # print(atoms)
    for a in mol.GetAromaticAtoms():
        i = a.GetIdx()
        atoms[i] = (atoms[i], 'aromatic')
    atoms = [atom_dict[a] for a in atoms] #对原子编码
    return np.array(atoms)

可见我们首先将mol输入进来后通过GetAtoms这个方法，逐一提取小分子的原子。经过我们之前在图中的计算，一共24个原子，那么通过循环读取可知

mol.GetAromaticAtoms()：获取芳香环中的原子
最终通过

  atoms = [atom_dict[a] for a in atoms]  

对原子进行编码。这里要说明一下，

atom_dict = defaultdict(lambda: len(atom_dict))

这里的defaultdict的用法可以参考

https://blog.csdn.net/jiaxinhong/article/details/108398099

通过编码得到的结果如图所示：

由此可以看出，C元素全部被编码为0，O元素全部被编码为1，H元素全部被编码为2。到此对原子的初步编码就已经完成了。

获取化学键

获取化学键这部分的代码如下所示。什么是化学键在之前已经有所介绍。接下来将详细分析这部分代码所运行的功能。

def create_ijbonddict(mol):
    # bond_dict = defaultdict(lambda: len(bond_dict))
    i_jbond_dict = defaultdict(lambda: [])
    for b in mol.GetBonds():#获取化学键
        #bond.GetBeginAtomIdx()，GetEndAtomIdx：获取键两端的原子索引
        i, j = b.GetBeginAtomIdx(), b.GetEndAtomIdx()
        #GetBondType获取化学键的类型
        bond = bond_dict[str(b.GetBondType())]
        i_jbond_dict[i].append((j, bond))
        i_jbond_dict[j].append((i, bond))
    return i_jbond_dict

首先循环mol的化学键，通过GetBonds的方式。然后通过bond.GetBeginAtomIdx()，GetEndAtomIdx：获取键两端的原子索引，再通过字典的形式来获得共价键的字典。此时的共价键分类是单双键的分法，
由这个图可知，此时只有一个双键其余的都是单键。因此最终可得结果为：

这个字典将每个原子与化学键之间的位置表示了出来。

指纹

DLKcat对分子结构进行了一个“指纹”的计算方式，其具体的算法参考了Weisfeiler-Leman算法。简单的来说就是一个不断迭代相邻结点的一个算法值，这里的半径radius值就是迭代的次数。具体的算法操作流程可以参考：

https://blog.51cto.com/u_15080014/2619583

def extract_fingerprints(atoms, i_jbond_dict, radius):

    # fingerprint_dict = defaultdict(lambda: len(fingerprint_dict))
    # edge_dict = defaultdict(lambda: len(edge_dict))

    if (len(atoms) == 1) or (radius == 0):
        fingerprints = [fingerprint_dict[a] for a in atoms]

    else:
        nodes = atoms
        i_jedge_dict = i_jbond_dict

        for _ in range(radius):
            fingerprints = []
            for i, j_edge in i_jedge_dict.items():
                neighbors = [(nodes[j], edge) for j, edge in j_edge]
                fingerprint = (nodes[i], tuple(sorted(neighbors)))
                fingerprints.append(fingerprint_dict[fingerprint])
            nodes = fingerprints

这里我们可以看到else的部分，我们以一个i_jedge_dict为例。

由于i_jedge_dict为一个字典，则i为索引数，j_edge为字典所包含的内容，这里可以看出为第一个C原子的化学键。

neighbors = [(nodes[j], edge) for j, edge in j_edge]

neighbors解释：j和edge分别取j_edge中每个元素的两个值，比如这里，j就是1，edge就是0。nodes[1]就是之前元素编码后的nodes的一号元素。

这里我们可以看出最后的结果。（nodes[11]=1，nodes[12]=2，node[13]=3）最终输出结果为：

我们可以看到通过计算“指纹”的方式，原子本来的编码值发生了变化。这个循环还要进行一次（radius=2）。最终结果在此不做展示。

生成邻近矩阵

邻接矩阵（adjacency matrix）是一种方阵，用来表示有限图。它的每个元素代表各点之间是否有边相连。图的关联矩阵需要和邻接矩阵区分。邻接矩阵的具体可以参考：

https://www.leixue.com/ask/what-is-adjacency-matrix

def create_adjacency(mol):
    adjacency = Chem.GetAdjacencyMatrix(mol)
    return np.array(adjacency)

根据邻接矩阵的定义，我们可以根据第一行为例
与0号元素相邻的元素有1号，11号，12号和13号。于是在邻接矩阵上就表示为1。有了邻接矩阵，再用了我们之前所编码的信息，就有了矩阵乘法的向量基础。

Sequence向量编码

def split_sequence(sequence, ngram):
    sequence = '-' + sequence + '='
    # print(sequence)
    words = [word_dict[sequence[i:i+ngram]] for i in range(len(sequence)-ngram+1)]
    return np.array(words)

这段代码比较好解释，核心就是将sequence的一维序列，每三个字符进行一个编码，但是并非是三个三个拿取，而是依次推进取三个字符。

最终的编码结果为：

至此，数据处理部分就做完了。
总结一下保存的数据为：

compounds：通过“指纹”处理之后的原子编码
adjacencies：邻接矩阵
regression：np.array([math.log2(float(Kcat))])
proteins：words，sequence向量编码

手性添加方案

从数据处理部分我们可以看出，通过化学键和原子的编码可以很好的确定一个小分子的结构。但是在编码上，没有考虑手性的信息。这里我们采用给顺、逆手性的原子进行特殊编码的一个思路。
比如说：

> s='N[C@@](Br)(Cl)OCC[C@@](O)(N)C'
mol=Chem.MolFromSmiles(s)
p=Chem.FindMolChiralCenters(mol)
print(p)
'''-----------------------------------'''
>>>[(1, 'S'), (7, 'R')]

这里的输出一号原子和七号原子为标记为手性的原子，但是其本身依然是C原子，根据原子编码，C原子的编码为0，这里我们令为顺时针手性的C原子编码为一个数值较大的新值，逆时针手性的C原子编码为一个较小的数值。
这样做的目的：突出位点的信息特征，使模型将这个原子作为一个新原子学习到。但是存在两点疑虑。

1. 通过这样的编码，等于变相改变了原子的结构，模型会认为你这是一个新的原子，与C原子做了区分。
2. 通过“指纹”的循环之后，与较大数值相连的原子数值权重会变得越来越大，而与较小数值相连的数值权重，则没有那么大。
   这种编码方式在理论上是有瑕疵的，真正实现是比较好实现的。其实现方式如下：

    #手性
    max_atoms = max(atoms)
    min_atoms = min(atoms)
    p = Chem.FindMolChiralCenters(mol)
    for i in range(len(p)):
        if p[i][1] == 'R':
            atoms[p[i][0]] = max_atoms + 1
        elif p[i][1] == 'S':
            atoms[p[i][0]] = min_atoms - 1