如何便捷的安装perl模块

虽然perl面向对象能力偏弱，且perl6一直为人诟病，但是仍然有许多生物信息方面的软件还是需要用到perl的

这就带来了一个问题，有时候就会报错，“缺少XX模块”

也不得不承认perl安装模块不如python安装便利，直接

如果linux环境里是python3，可以先查看pip位置是否指向你用的python3

python -m pip

如果想用linux里的python2，使用pip2安装包，那么在pip2未安装的情况下，可以：

wget https://bootstrap.pypa.io/pip/2.7/get-pip.py

sudo python2 get-pip.py

python2 -m pip install PackageName

下面是一般的安装方法，例如python3环境下安装模块

安装：pip install PackageName

更新：pip install -U PackageName

移除：pip uninstall PackageName

搜索：pip search PackageName

乃至于在conda激活的环境中，pip直接就给安装到当前环境下了，简直不要太方便。

例如，我前几天用QIIME1，想把biom格式转为tsv，结果报错，h5py找不到了。pip show h5py后，又能发现h5py就在服务器里，有点头疼，不知道谁又动了环境变量。

就不管这个，直接

source activate qiime1

pip install h5py                     #装到了当前conda 环境的lib/python2.7/site-packages下

conda deactivate

就能用了，很方便

perl的话就有点麻烦，虽然可以安装perl-app-cpanminus，但是用cpanm安装模块的时候，由于环境变量的缘故，即便是在激活的conda环境中，它还是会安装到PERL_LOCAL_LIB_ROOT PERL_MM_OPT PERL_MB_OPT 指向的位置，这里面有个安装到当前环境的笨方法

source activate env_name

env PERL5LIB="" PERL_LOCAL_LIB_ROOT="" PERL_MM_OPT="" PERL_MB_OPT="" cpanm module_name

perl -e 'print join "\n",@INC'    #查看所有模块位置

conda deactivate

这样的话，perl模块就会安装到激活的conda环境中，具体在/lib/site_perl/5.26.2

这个方法还是有些笨，我在跑QIIME2的时候发现，QIIME2也自带了一个JSON的perl模块，那么QIIME2是如何安装的呢？仔细看了看QIIME2安装的代码，原来有一条

conda install perl-json

优秀优秀，还能这么安装模块，那么以后想装的话，可以先试试

conda search perl-module_name

另外， 查看已经安装哪些perl模块

不管有没有root权限，都可以利用 cpanm 然后安装 ExtUtils::Installed模块，instmodsh可以查看安装了哪些perl模块，which instmodsh 查看它被安装到哪里。