PyVCF 变异基因数据处理

PyVCF是一个用于处理VCF(Variant Call
Format)文件的python库。它提供了许多功能来读取，过滤和修改VCF文件中的变异
PyVCF是一个用于读取和写入VCF格式文件的Python库。主要功能包括:

1、读取VCF文件：PyVCF提供了一个vcf.Reader()函数，可以用来打开并读取VCF文件。读取后的文件可以进行遍历，每个元素是一个vcf.model._Record的实例
2、写入VCF文件： PyVCF提供了一个vcf.Writer()函数，用来写入VCF文件。
3、查询VCF文件： PyVCF提供了一系列的查询函数，可以查询VCF文件的某些属性，比如基因名称，变异位置，变异类型等。
4、过滤VCF文件： PyVCF提供了一系列的过滤函数，可以根据某些条件来过滤VCF文件中的记录。
5、更新VCF文件： PyVCF提供了一些函数，可以用来更新VCF文件中的某些属性，比如修改基因名称，变异位置等。
6、 提取VCF文件的信息： PyVCF提供了一些函数，可以提取VCF文件中的某些信息，比如提取所有变异的基因名称，提取所有变异的位置等。

在这个示例中，我们打开了一个名为 example.vcf 的 VCF 文件，并遍历了文件中的所有变异。对于每个变异，我们打印了其基因组位置、参考碱基、变异碱基和基因型等信息。

import vcf

# Open VCF file
vcf_reader = vcf.Reader(open('example.vcf', 'r'))

# Iterate through variants
for record in vcf_reader:
    # Print variant information
    print("Chrom: " + record.CHROM)
    print("Pos: " + str(record.POS))
    print("Ref: " + record.REF)
    print("Alt: " + str(record.ALT))
    print("Genotypes: " + str(record.genotypes))