记录贴：转换dcm/dicom数据为nii格式

 本文记录如何将dcm/dicom数据转换为nii数据

        现在常用的医学图像格式包括有nii和dicom数据，如何完成这两种格式的转换十分有用，

此文主要记录的怎么将dicom数据转换为你并保持空间关系的对应。

前提：

        本文解决的主要问题：已经存在原始的niiCT或者MR图像，分割出来的掩膜图像是dicom。

解决思路：

        nii本质为一个三维图像，蕴含着空间坐标系，dicom图像也有一套空间坐标体系，很多时候因为多次转换后，最后得到的Image.nii 和mask.nii 无法形成对应。也就是空间关系发生了改变。

        因此，我们解决的思路就是使用SimpleITK包读取原始图像并获取其空间坐标，然后再使用SimpleITK将dcm序列图像读取以后，将原始图像的空间坐标赋给dcm的空间坐标。即可完成配对。

主要的核心代码如下：(只提供了函数，没有写基础的import simpleitk as sitk)

        

'''
此函数用于转换dcm的mask图像到nii
imgpath :原始图像(such as :CT or MR slicer).nii 路径
dcmdirectory：分割mask的dcm存放地址
savepath：转换后的mask.nii保存地址
'''
def convert_dcm_to_Nii(imgpath,dcmdirectory,savepath):
    Image = sitk.ReadImage(imgpath) #读取原始的切片图像
    reader = sitk.ImageSeriesReader()

    img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcmdirectory)
    reader.SetFileNames(img_names)
    dcm = reader.Execute()          #读取dcm文件夹中的dcm series
    #####将原始图像的nii的空间坐标系
    dcm.SetOrigin(image.GetOrigin())  # recovery ori size
    dcm.SetSpacing(image.GetSpacing())
    dcm.SetDirection(image.GetDirection())
    ###保存图像
    sitk.WriteImage(dcm,savepath)