Day5-数据结构
新手tips：
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路命令 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框_
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型：向量（vector）、数据框（data frame）、矩阵（matrix）、列表（list）和数组（array）。生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框。
part1：向量
- 1.标量和向量的区分
首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
（一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
新手tips：
1.如果你把这几行代码都打过了，那么x就被你赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准。
- 2.从向量中提取元素
1）根据元素位置
这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
2）根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
image.png
Part2：数据框
将示例数据放在你的工作目录下（重要！！！）
用以下命令即可获得示例数据框：
截图中显示的NA表示空值
（1）读取本地数据
#通过read.table(flie,sep,header)读取一个文件并转换成一张表
#flie：文件路径
#sep：数据之间的分隔符
#header：第一行是否是表头，默认为false，表示是数据
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
（2）设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
- 3）数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
- 4）变量的保存与重新加载
这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
- 5）提取元素
X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）