hisat2的使用

#gff2gtf
gffread shitouqi.gff3 -T -o shitouqi.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
gffread Tifruner.merge.gtf -o- > Tifruner.merged.gff3

利用hisat2 构建索引

extract_exons.py shitouqi.gtf > shitouqi.exons
extract_splice_sites.py shitouqi.gtf > shitouqi.ss
hisat2-build --exon shitouqi.exons --ss shitouqi.ss -p 24 shitouqi.fasta shitouqi

#带剪切位点数据建立索引非常耗内存，如果内存较小可以不加该数据
hisat2-build  -p 24 Tifrunner2.fasta Tifrunner2
#-p 线程数


bowtie2 -p 15 -x /mnt/10t/database/cattle/cattlegenome -1 1.clip.1.fq.gz -2 1.clip.2.fq.gz -S sample.sam --un-conc 1.fq 
#比对。-p线程数，-x参考基因组的基本名（除了后缀名），-1和-2配对双端序列，-S输出sam文件，--un-conc 输出未注释成功的结果，双端结果会以.1和.2区分。--un-conc-gz输出gz压缩序列