V8安装：
需要一个静态库。解决方法如下：
在R命令行中输入
Sys.setenv(DOWNLOAD_STATIC_LIBV8 = 1)
install.packages("V8")
fs安装
最近使用R包“DiffBind”分析数据，在安装依赖包“fs”时一直报错，命令行如下：
conda activate chipseq1
R
library(BiocManager)
BiocManager::install("fs")
错误及解决方法如下：
src/.libs/libuv_la-fs-poll.o: file not recognized: File format not recognized
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [Makefile:1745: libuv.la] Error 1
make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpvaTCs1/R.INSTALL47746c681b53/fs/src/libuv-1.38.1'
make: *** [Makevars:35: libuv-1.38.1/.libs/libuv.a] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘fs’
* removing ‘/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/miniconda3/envs/chipseq1/lib/R/library/fs’
ERROR: dependency ‘fs’ is not available for package ‘batchtools’
* removing ‘/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/miniconda3/envs/chipseq1/lib/R/library/batchtools’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp4wNQWj/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning messages:
1: In .inet_warning(msg) :
installation of package ‘fs’ had non-zero exit status
2: In .inet_warning(msg) :
installation of package ‘batchtools’ had non-zero exit status
主要是编译错误，缺少libuv库，或者libuv库编译错误，我下载了libuv，然后按照流程编译
git clone [https://github.com/libuv/libuv.git](https://github.com/libuv/libuv.git)
cd libuv/
./autogen.sh
./configure --prefix=/your/path/ ##这里不指定路径后边编译会出错，至少我是这样
make
make install
####编译完成后，将lib路径加入环境变量
#方法一：
export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH:/XXX #但是退出当前终端后就失效
#方法二：
修改~/.bashrc或~/.bash_profile或系统级别的/etc/profile
rsvg安装
rsvg安装依赖librsvg库，但是经常报错#error "Only
*** Rebuilding template files ***
cd . && gtkdoc-mktmpl --module=rsvg
/bin/sh: gtkdoc-mktmpl: command not found
make[1]: *** [tmpl-build.stamp] Error 127
make[1]: Leaving directory `/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/software/libs/librsvg-2.9.5/doc'
make: *** [install-recursive] Error 1
gcc安装
gcc安装依赖下边三个包，即gmp、mpfr和mpc，其中mpc和mpfr又依赖gmp，所以先安装gmp
gmp安装
./configure prefix=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/ --enable-CXX
在使用configure的时候要加上 --enable-cxx命令，否则不能使用c++库gmpxx.h
然后
make
make check
最后
make install
就安装完成了
MPFR和MPC配置安装
./configure prefix=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/ --with-gmp-include=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/include/ --with-gmp-lib=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib
--with...后边要加绝对路径，指定gmp位置
然后 make
make check
make install
gcc编译
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib/
设定ld各种库所在位置
make
make install
gcc编译完成后要更新动态库，替换旧版本，要不然会报错
ninja安装
./configure.py --bootstrap
指定pkg_config_path
export PKG_CONFIG_PATH=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib/pkgconfig
【注意：conda install用于给本机安装软件（不会安装在虚拟环境中），conda create是给虚拟环境安装软件】
[ conda isntall 找不到的包你可以试试 pip]
报错：
你刚刚通过conda install了pytorch，却没有pytorch: ModuleNotFoundError: No module named 'torch'
搜了一会，想要按照别人的答案conda update conda更新一下conda，还报错：PackageNotInstalledError: Package is not installed in prefix.
为什么？不要在已经进入的虚拟环境中使用conda install !!!!!
这些可能是你应该在base环境中安装的软件。你要想要conda虚拟环境中装，那就该用pip就用pip。
checking whether bzip2 support suffices ...congifure: error: bzip2 library and headers are required
看问题描述貌似bzip2版本太老了，新的R-4.1.2不能用。
简单来说，就是从16年开始，R的新版本去除了一些原来包含在安装包里的包，并默认这些包已经安装在你的系统里，这时候，如果你用的是自己本地较新的linux/mac/windows版本，默认已经装好这些包，即使没有也能够很快安装或者更新这些包。但是，如果你是在服务器集群上，没有管理员权限，需要将这些包先安装在自己的目录下，然后才能调用，而关键的问题就是调用时的环境变量如何设置。
根据这篇博文给出的解决方法，首先新建个目录用来安装所有需要装的包（比如：/HOME/packages)，然后将需要安装的软件包都装到这个目录下，并设置好环境变量（这个过程最关键），之后再configure/make/make install安装R-3.3.0就可以了，其中还有一些细节问题下面会提到。安装R-3.3.0过程中需要安装的包主要有:bzip2、xz、pcre和curl，该博文还提到了zlib，不过可能我的服务器上zlib已经更新过了，安装过程中并没有报错。
1.下载和安装bzip2：
bzip2不是标准的GNU包，根据下载的安装文件的说明文档，执行以下命令：
cd ~/src
wget --no-check-certificate bzip2 website ##自己搜官网最新版bzip2地址，时不时IP就改了
tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
make
make install PREFIX=/HOME/packages
注意：这里下载完bzip2后，需要修改Makefile文件，在CFLAGS这个变量后面添加 -fPIC，否则后面安装R的时候会报错。
2.安装xz包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate XZ ##官网地址
tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz
cd xz-5.2.2
./configure --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
3.安装pcre包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate pcre ##官网下载地址
tar xzvf pcre-8.38.tar.gz
cd pcre-8.38
./configure --enable-utf8 --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
4.安装curl包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz
curl - Download
tar xzvf curl-7.47.1.tar.gz
cd curl-7.47.1
./configure --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
5.设置安装好的包的环境变量（！这步最重要）：
这个过程中/HOME/packages/要替换为你安装文件的目录，譬如我安装在/dssg/home/acct-medzxz/medzxz/bin/下，以下步骤中/HOME/packages/全部替换为/dssg/home/acct-medzxz/medzxz/bin/。切记 切记 切记
export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH
export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"
export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"
前两个是安装R的“make”过程需要用到的，后两个是“configure”过程需要用到的。
6.最后就是安装R-4.1.2:
cd ~/src/R-4.1.2
mkdir builddir
cd builddir
../configure --prefix=/HOME/packages/R-4.1.2
make
make install
等待安装完成，就可以开始愉快地使用新的R了...
blog.csdn.net/flashan_shensanceng/article/details/122531181