NCBI原始SRA数据下载

下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使用迅雷下载，但是迅雷找SRA链接太费劲。
后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit，有SRA号就能直接下载，用起来比较方便。在中国，白天下载比较慢，晚上有一个时间段下载还是挺快的，小编使用7个下载任务同时下载，1天时间下载大约300G的SRA数据

（1）sratoolkit下载安装

wget  https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz  #解压后就安装完毕

（2）SRA数据下载

PATH/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin/prefetch -X 60G -O ./ SRR7091441  #直接加SRA号即可下载，很方便
PATH/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin/prefetch -X 60G -O ./  SRA_list.txt  #可以将要下载的SRA放一个文件里下载

（3）SRA数据转化成fq数据

PATH/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 --gzip SRR7091488.sra