分子对接教程 | (1) 软件安装准备

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本人自己的一个小课题需要分子对接，这里在做的时候顺便写一下教程。

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AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/

进入网站首页点击downloads，进入下载页面，需要从这里下载2个软件，AutoDock 4.2和mgltools。

AutoDock 4.2的下载：右键proceed to download page，在新窗口中打开。在打开页面底部有下载地址，根据自己的系统选择下载，这里是Windows。懒人链接：

http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/

mgltools的下载：下载页面底部有个ADT，新页面点击AutoDockTools，然后选择适合自己的系统版本，懒人链接：http://mgltools.scripps.edu/downloads

其他分子对接辅助软件，比如：OpenBabel，PyMOL，Python等软件自己Google下载，Python需要安装2.0序列的，这个必须安装，安装完成后需要配置环境变量，不知道怎么配置环境变量，Google或者百度一下，很简单，我记得在我TCGA差异分析的视频教程文章中【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】介绍TCGA官方工具下载数据的时候有介绍，如果不是这研究方向的，没必要去看这个视频，百度来的快些。当然，这些安装包我上传到了云盘。

链接：https://pan.baidu.com/s/1oLKITNG-mRWBVOSXepbJrg ，提取码：mx5u

安装好这些软件后，我们需要设置一个工作环境。安装好AutoDock 4.2和mgltools后，你可以选择一个盘创建一个工作环境的文件夹，以后你就在该文件夹下完成分子对接，我这里是在F:\Autodock\文件夹。如果你没有更改安装路径，那么你会在C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6文件夹下看见这2个文件。将这2个文件复制到F:\Autodock中。

同样的，安装mgltools软件的安装目录下有个adt.bat，我这里的安装路径是：C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6，将adt.bat这个文件复制到F:\Autodock\文件中。

这里在F:\Autodock\文件夹下就有了3个文件。

然后我们打开Autodock软件。点击File，选择Preferences，再选择Set。

在Startup Directory中粘贴你的工作路径，我上面是F:\Autodock\，这里就输入F:\Autodock，然后点击Make Default。就设置好默认的工作路径了，后面我们需要对接的配体分子和蛋白分子都放在该目录下。