记录一次大文件读取以及热图简单绘制

踩过的坑：

• 使用fread这个函数读的贼快，以后就用它了！
• 首先要设置当前目录，否则到后面数据一团糟。
• 当读取表格文件时，我遇到了读取后没有表头的情况，经过多方搜索，原来需要设定fill=T，因为有不相等的行，根据文档原解释：如果为真，那么在行长度不相等的情况下，将隐式地添加空白字段。

fill ：logical. If TRUE then in case the rows have unequal length, blank fields are implicitly added. See ‘Details’.

• rowSum、colSum、which函数要多用用，真的挺好用。
• strsplit切分字符串后是list，不能直接使用，需要用unlist进行转化。
• 读取文件时，设置header貌似相当于col.names，不过我使用这个参数一直报错，等待会再看看。设置row.names就相当于增加变量，但是输出文件时，行列总是会“混起来”，结合网上大神思维，输出文件应再增加一列
  同理，还有quote，通常设置为quote=""，为了防止文件中已存在"而带来的读写问题。
  接着，check.names=F，这个是用来防止将文件中的特殊命名的如. [0-9] 之类的转换，推荐勾选。

#此脚本用于提取三代测序中的数据，用于工作中，等技术高了再回来改进！
#2019年1月10日14:50:45
#liyuan
#功能：提取组织中表达所有的基因及表达量，并进行聚类图的绘制。

setwd("~/R_Workspace/DATA/1-11/1_表达谱/1_all/")
#step1, load main
#在这里使用data.table::fread比较好，因为速度贼快！
in_file_main <- "~/R_Workspace/DATA/1-11/gene.description.xls"
input_main <- data.table::fread(in_file_main,header = TRUE,fill = T,quote="",check.names = F)#需要增加fill=T
prefix_out <- "exp_pro.cluster.All" 
out_file_name1 <- paste(prefix_out,".tiff",sep="")
out_file_name2 <- paste(prefix_out,".xls",sep="")

#step2, remove exp <= 0，使用rowSums这个方法一次就能出结果，我还傻乎乎写了半天的for-if
row_index <- which(rowSums(input_table[,c(29:40,45)]) > 0);paste("2_calculate data of diff and save index of diff success !")
#step3，获取diff组织列以及gopath注释列
exp_data <- data.frame(input_table[row_index,c(1,29:40,45,176:185)]) #索引列自动作为row.names  

#step4, draw exp_cluster by above data.
  #step4.1, tran rownames
  x <- "brain   eye fin gill    hood    heart   intestine   muscle  kidney  liver   testis  spleen  skin"#new row
  y <- strsplit(x,split = "\t")
  colnames(exp_data)[2:14] <- unlist(y)
  data.table::fwrite(exp_data,sep="\t",col.names =TRUE,
              row.names = FALSE,file = out_file_name2);paste("3_1_write table of cluster success!")
  
  #step4.2, draw cluster,just for test1:1000
  library(pheatmap)
   p <- pheatmap(log2(exp_data[1:1000,2:14]+1),scale="row",
                 cluster_cols=T,#是否按列聚类
                 cluster_rows=T,#是否按行聚类
                 show_rownames=F,
                 color = colorRampPalette(c("MediumBlue","white","red"))(256),
                 legend_breaks = -10:10,#图例范围
                 fontsize = 18,
                 filename = out_file_name1#保存文件命名
   );paste("3_2_draw cluster success and exit!")