day10 软件安装：通过bowtie2和samtools两个例子学习

一、在B站“生信人应该这样学Linux”第5讲-软件安装

Jimmy大神的软件安装教程，留爪慢慢看。
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

1.'\r'是回车，'\n'是换行，前者使光标到行首，后者使光标下移一格。通常用的Enter是两个加起来。

2. tr ":" "\n"是把冒号替换成换行符。

3. 大神课里讲到Git这个东东，展开学习了一下：貌似是要写一个程序，需要改很多个版本，很多人都要进行修改，于是很容易混乱，不知道改了哪里或者谁改的。于是Git可以对每次修改的进行记录，随时可以回到之前的某个版本，对于写代码的人来说，每次调试都要调整修改一些内容，可太有用了。

似乎我平时修改个word或ppt里的内容也挺需要这个功能。

4. xargs 命令

xargs 是 execute arguments 的缩写，作用是从标准输入中读取内容，并将此内容传递给它要协助的命令，并作为那个命令的参数来执行。
比如：echo $PATH | tr ':' '\n' | xargs ls -lh

5. which命令是查看某个命令在哪儿的。

6. 安装bowtie2软件

测序得到read进行质控后，就是对read进行比对，所以随之产生了许多用来比对的软件。其中BWA和bowtie2两个最为常用。注意：这两个软件都是用来比对基因组的。如果要比对转录组应该用hisat2这个软件。

bowtie2输出结果为SAM格式。
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.3.0/bowtie-1.3.0-linux-x86_64.zip/download
我自己找到最新的版本是这个
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.5/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip/download

下载到Mac电脑本地。之后要上传到服务器上才行。
上传要用到新的命令scp
注意：要新打开一个终端输入命令scp /Users/meraner/Desktop/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip [email protected]:~/software/bowtie2

也就是在本地的终端发送这个位置的这个文件到服务器某IP地址某用户的那个位置。然后需要输入密码，输入后，就开始上传。

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scp命令格式如下：
scp <本地文件路径> <服务器用户名>@服务器地址:<要上传到服务器那个路径下>
我折腾了好几次终于成功上传数据成功啦。。要知道在window系统中通过winscp或者xshell就可以图形化实现上传下载，而Mac要通过命令行，果然是大神爱的Mac要更接近人机直接对话。而且有点儿明白winscp的这个名字啥意思了。

unzipbowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip 就是解压安装
想看看是否安装成功，输入命令./bowtie2

但是出现了一个问题。

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可能是原因是本地化语言配置缺失，需要安装，通过设置vim ~/.bashrc，在环境变量里加入下面一行。
export LC_ALL=C
之后再运行source ~/.bashrc。
重新查看虽然不显示那个LC_ALL的错误了，但仍然没有安装成功。下面一行错误还是有。

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这个貌似是需要升级升级GLIBC库，这个库应该是系统自带的。而我现在的bowtie2版本显然不适合。我去选个低版本的bowtie2吧。。。
scp /Users/meraner/Desktop/bowtie2-2.2.3-linux-x86_64.zip [email protected]:~/software/bowtie2
这回在进行查看还有点儿小问题。

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输入命令./bowtie2 -h，显示正常了。

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7. 安装samtools软件

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令。

wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
但是下载一直不成功。还是直接下载到本地，再上传吧。
在本地终端输入scp /Users/meraner/Desktop/samtools-1.15.1.tar.bz2 [email protected]:~/software/samtools
进入服务器终端，在samtools文件夹下进行解压安装
tar xvfj samtools-1.15.1.tar.bz2 参数x是解压的意思，v是解压过程展示明细，f
进入解压后的samtools-1.15.1文件夹下
./configure --prefix=/data/zds209/software/samtools/samtools-1.15.1(注意这个地方要写绝对路径，不可以写成~/software/samtools/samtools-1.15.1这种相对路径哦）

make
make install
想要看是否安装成功只需要在安装文件夹下输入./samtools
这是一个相对路径，其中“./”的意思是当前路径，samtools是这个软件二进制文件。

想看看是否安装成功./samtools 可见关于次软件的详情，表明成功安装。

image.png