ImmPort-生信分析之免疫相关基因的来源

微信公众号：研平方 | ：研平方
语雀：左手柳叶刀右手炭火烧
关注可了解更多的科研教程及技巧。如有问题或建议，请在公众号留言。
欢迎关注我：一起学习，一起进步！

1.生信分析中的应用

在如今免疫相关生信分析大火的时代，怎么能少了我呢。小编爆肝了一个晚上，撸了100多面免疫治疗+免疫分型+免疫评分+相关的/所谓的预测模型的文章后[虽然小编之前也做预测模型，然......]，已基本掌握了其发文的套路。总结好后，下次跟大家分享。另外这是我首次用Zotero管理文献，不得不说，是真的香，给大家秀一波我刚建立起来的Zotero文库吧！

打开PubMed检索相关文献，嗷嗷待哺的我，开启“观影”模式，ps：有没有同道好友，看文献像看电影。

宝们，是不是发现我的PubMed和你们的不一样，我的可以通过设置影响因子筛选目标文献，这是因为我用了EasyPubMed这个插件。小编一直坚信“工欲善其事必先利其器”这句话，所以，用好工具，你会发现效率极大提高，还不断发现惊喜。

从这张截图里，是不是又get到了好几个插件呢，哈哈。

2.ImmPort简介

ImmPort的全称为 The Immunology Database and Analysis Portal，是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）、美国过敏症和传染病研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases，NIAID）和过敏、免疫和移植部（Division of Allergy, Immunology, and Transplantation，DAIT）共同开发维护的一项免疫相关数据库。

3.网页地址

https://www.immport.org/home

其他需要了解的内容，可出门右拐bing/baidu，当然，最好是google啦，然后回车。

4.下载数据

4.1 从网页下载数据

4.2 R语言读入查看

GeneList_immPort <- read_delim("F:/My OneDrive Cloud/OneDrive/GeneList_immPort.txt", 
+     delim = "\t", escape_double = FALSE, 
+     trim_ws = TRUE)

## view the number of immune-related genes
length(GeneList_immPort$Symbol)
[1] 2483

## view the number of immune-related genes that after remove duplicate genes
length(unique(GeneList_immPort$Symbol))
[1] 1793

## view the category
table(GeneList_immPort$Category)

Antigen_Processing_and_Presentation                      Antimicrobials 
                                148                                 535 
                BCRSignalingPathway                 Chemokine_Receptors 
                                272                                  53 
                         Chemokines                  Cytokine_Receptors 
                                102                                 307 
                          Cytokines                 Interferon_Receptor 
                                456                                   3 
                        Interferons                        Interleukins 
                                 17                                  47 
              Interleukins_Receptor     NaturalKiller_Cell_Cytotoxicity 
                                 42                                 134 
                TCRsignalingPathway                  TGFb_Family_Member 
                                291                                  33 
        TGFb_Family_Member_Receptor                  TNF_Family_Members 
                                 12                                  12 
       TNF_Family_Members_Receptors 
                                 19 

从上面可以看出，一共有2483个gene symble, 去重后还有1793，同时查看他们的分类，发现有：抗原加工和提呈、BCR信号通路等17个分组。