在一栋现代办公楼，女秘书敲了敲房门，见无人回应，进入了办公室，只见老板脸色苍白，身上裹着一层毛毯，似乎已经死去多时。
警方接到报案后感到案发现场，据秘书口供:老板临死前觉得周身寒冷，便让秘书关掉了办公室的空调。 可台北夏天四十多度的高温天气，尸检时却从死者鼻腔里发现冰晶。初步检查得到的结论:死者在冰水中溺亡。
炎热的夏季，老板坐在办公室溺亡？
这显然不符合常理。
黄警官本来是一名出色的探员，但因举报自己上司贪腐，遭到了报复，被调离到外事组。被同事们排挤的黄警官因为工作的遭遇和女儿受的伤害而自责，有家不归，整日呆在破旧的办公室，不敢面对自己的家人。
尸检进一步结果出来，在死者的大脑组织内和以及鼻腔发现一种霉菌，但以台湾现有的技术手段，当地没法检测出该霉菌的毒性。只能送到美国，等待检测报告。
不久，当地消防接到火警电话，赶到现场时，并未发现火情。但却在报警现场发现一具女尸，尸体肌肉组织严重脱水，法医陈述只有被大火烧死的尸体才会出现这样的状况。
两起离奇的案件接连发生，让法医怀疑这两起案件一定存在联系。两个死者，一个是大公司的老板，一个是立委的情妇。两位死者身份特殊，局里领导不想把动静闹大，嘱托法医就按心脏病复发做一份报告来应付。
没过多久，熟睡中的黄警官被一阵电话铃吵醒。原来当地一间教堂发生了第三起命案，死者是该教堂的牧师，因为该死者是一名美国人，且死法离奇，腹部被人剖开，肠道被取出，腹部的伤口缝合后被人画上了奇怪的符箓。
这已经不是局里能控制的局面了，不得已只能召开发布会，邀请美国FBI的探员协助破案。
名叫凯文的美国探员受命赶到台北市，在当地记者的围追堵截中只说要找黄警官。
黄警官虽然是外事组的干事，但警局里唯独他英语最好。凯文指名道姓要找黄警官协助他，也是因为调查过黄警官的底细，这就包括了黄警官当年举报上司贪腐的事情。
在警局里，凯文要求亲自去案发现场看看。一众人都不大卖他的账，但迫于凯文的身份也只能顺从。
凯文和黄警官在牧师的案发现场仔细搜寻，在冷气通风口里发现一颗空心钢珠，顺着前面两名死者家中搜寻，也都搜出了同样的钢珠。送到检测站，检测人员很是震惊，因为在钢珠中发现了死者体内一样的霉菌。就是说作案者用精密的仪器给钢珠钻孔，在钢珠内部置入霉菌后用射击器将钢珠打入冷气机通风口，让霉菌通过空气传播进入受害者体内。
如此缜密的作案手法，可见作案者不是一般人。
但是作案凶手是谁？作案动机是为何？这三个死者生前没有任何关联，中方的警探打算从第三名死者（牧师）腹部上撰画的符箓上下手调查，凯文给出他的观点:要调查符箓的来历不要从道观入手，这样只会引入误区， 而是找做过相关研究的学者。而且要根据三名死者的被挑选顺序开始入手调查。
凯文和黄警官找到一个研究人类学的院士，老院士一眼便认出了符箓的来历:
原来，前几年在越南北部红河流域挖掘出一座道观，名为真仙观。 从中发掘出了一些法器、符箓和碑文。老院士找出当年存档的照片，将符箓的照片一对比，道出了符箓的作用: 第三名死者腹部上的符箓名为“勾碟”，这就好比阎王爷的催命符。 院士解释说碑文中记录着古代道士炼丹修道的过程，但碑文的密语他也没研究清楚。碑文上的图正是 来自上古奇书《河图洛书》。
晚上，黄警官根据老院士的提示，拿着碑文的照片在案桌苦思冥想，将照片拿到打印机拓印后，在幻灯片下重叠，竟然发现了玄机。刻满文字的碑文圈出了“富、妙、景、旺”四字。“富”对应第一名死者:廖振富，“妙”对应第二名死者:邱妙芳。而第三名死者牧师是外国人，那这“景”字缘由哪里呢？ 黄警官跟凯文解释说:基督教在刚刚传入中国时，被称为景教。 这就解释通了，那么这第四名受害者将跟“旺”字有关。但是黄警官在幻灯片下得到的另外两条线索无从下手:“不信鬼神者”和“少阳太阴”。
而关于霉菌，美国联邦那边也得到了化验报告。在第一名死者脑内发现的霉菌，其实是一种虫生真菌，借由 类似于螨虫一样的生物携带进入人体大脑。通过对死者血液检查发现，死者体内多巴胺浓度异常，美方研究人员分析死者临死前大脑产生强烈幻觉， 其兴奋程度相当于吸食了超量的可卡因。
但化验结果无法解释三名死者不同的死状，研究人员无法解释为何死者会产生不同的幻觉。
很快，凯文和黄警官接到报警找到了第四名死者，死者名叫陈两旺，尸体在一辆面包车内被人发现，死者被人从背后剜掉了心脏，据目击者称面包车驾驶员在路上与前车发生口角，冲突升级，两车人发生了火拼，最后驾驶员逃逸。凯文在死者身上搜出了同样的符箓。
黄警官在报纸上看到该名死者的有关报道，原来，陈两旺父母已经过世， 有人听说他想从死去的父母口中得知遗产的下落，便去找了观落阴。所谓观落阴，是当地民间流传的一门诡异法术。既将活人带到阴间，与死去的亲人相见。至此，黄警官已经察觉出此案的非同寻常。
晚上，黄警官就案件的属性和凯文发生争执。黄警官认为还案件已经超出了他们的能力范畴，牵扯到了神鬼灵异。而凯文作为联邦调查组成员，是一名坚定的唯物主义者，坚持以科学的手段来破案。黄警官向凯文道出了困扰他两年的心结:
原来，当年他举报领导贪腐，其中之一正是他的小舅子，面对十五年的牢狱之灾，小舅子竟然持枪挟持了黄警官的女儿，打算玉石俱焚。没想到射出的子弹拐弯，小舅子顿时血溅当场。而黄警官的女儿送到医院只是受了点皮外伤。至那之后，他的女儿一直不肯开口说话。黄警官目睹了整个过程，认为女儿那天一定遇到了他们看不见的东西。
再次遇上无法用科学解释的事情，黄警官为了解开心中的疑虑，带着四名死者的照片再次拜访老院士。看完照片，老院士惊叹，推测出了凶手的作案动机:原来， 古代道家的某个派别中有一种得道修仙的法门，凶手想要效仿传闻中宋朝一位名叫黄裳的道士，杀死五个人魈，借由除恶扬善之道，分别打入“寒冰狱、火坑狱、抽肠狱、剜心狱、拔舌狱”，以此来渡五劫，助自己飞升第六道而成仙。 据说这个叫黄裳的道士目带双瞳，能日观千里、夜窥鬼神。老院士解释所谓人魈，可以理解成在道德上有欠缺的人。在得道修仙的过程中还有一个必不可少的条件——得一场大病。在某些道家派别看来，人在大病之后才能大彻大悟，因此得一场大病这也成了修仙的条件之一。而让黄警官疑惑的“少阳太阴”，代表了天干地支中的火和土。而黄警官本名黄火土，这让黄警官更加疑惑。难道此案和自己也有关？拔舌狱对应的受害者又会是谁？
这边，凯文也有了新的发现。原来，他在抛尸的面包车内饰中发现一种防静电的泡棉，而装备这种特殊材料的汽车，通常用来运输积体电路。也就是凶手很可能从事高科技行业。根据线索，警方很快找到一家名叫“第一先进”的IC设计公司。奇怪的是，这家公司在行情最好的时候，两位留学背景的海归博士老板信了教，走火入魔，竟抛售了赚钱的公司，将一座几年前挖掘出的道观复原进了一座现代化的办公大楼内。而这个道观正是“真仙观。”
案件直指两位科技公司的大老板，一个叫林道生，一个叫黄一峰。得知线索后，警方率人来到现场，准备捉拿嫌犯。进入大楼内，警方打开一间密室大门，“真仙观”的尊容顿时引入眼帘， 古老阴郁的道观透着一股肃杀之气，给人一种压迫感。而道观中，一群道童打扮的信徒们正在虔诚的朝拜，面对突入而来的闯入者不为所动。两个老板身着道袍，站在众人面前，面色铁青，面对质问的警察竟然率先发难，露出藏在袖口的利器挥刀砍向对方。 自此，华语电影界最血腥的火拼场面被拍摄出来。“真仙观”成了修罗场。
待支援赶到时，现场早已尸横遍野，只幸存下林道生和受伤动弹不得的李警官。更骇人的是，林道生端坐在地上，一副视死如归的模样。
事后搜寻现场，凯文在一处角落发现有透气孔，随行人员合力打开地板暗门，竟发现里面躺着一名奄奄一息的女子。
林道生交待了杀人原因，案件得以告破。凯文到黄警官家，与黄警官一家共进晚餐。案情得以告破，一切本来成定局，如凯文在媒体面前所说的，最难对付的不是怪力乱神，而是人心。
次日早晨，黄警官一觉睡来，发现凯文侧身背对着自己躺在家里沙发上，这个时间凯文应该已经坐上了回国的飞机。黄警官试图叫醒凯文，却惊骇的发现，凯文已经暴毙，嘴里淌着血，而他的手上，拽着一节舌头！
“不信鬼神者”，原来指的是凯文，凯文受到虫生真菌感染，竟然在幻觉中拔掉了自己舌头，也对应上了五狱中的“拔舌狱”。而黄警官也没能幸免，同样被感染后晕倒送到医院急救。
在昏睡中，所有的画面由如走马灯一样在他脑海中浮现，惊醒后，黄警官冒死孤身潜入“真仙观”。
而等待他的，正是“真仙观”真正的主人之一——谢亚理。正是那个被发现时已经奄奄一息的女子。女子目带双瞳，施法将黄火土带入幻觉，而黄火土在幻觉中开枪击中了谢。
谢倒在血泊中，告诉黄，她死后就能得道成仙，而黄火土也会跟她一起走。
弥留之际，黄警官的女儿扑倒在黄的胸前，终于开口喊出了爸爸。
故事非常的离奇曲折，而后来的《唐探2》的剧情，便是借鉴了这部2002年的电影《双瞳》。
让我们来梳理一下这部电影案件的缘由:
其实，谢亚理和她的姐姐前世就在“真仙观”中修炼，因为修为不够，需要再轮回一世才能得道成仙，而谢亚理的姐姐可能是因为道行更高，在出世后便得道成仙，妹妹谢亚理还得活到成年。而林道生和黄一峰前世是“真仙观”的弟子，转世后被妹妹谢亚理唤醒了前世的记忆。妹妹想要得道成仙，必须要按照前世石碑中的提示杀死五个人魈，并分别送入五狱，这五个人中，分别就是非法排放的公司老板廖振富、破坏别人家庭的第三者邱妙芳、表面是牧师背地里走私军火的罗伦佐、第四个是不守孝道的陈两旺、第五个是不信鬼神的凯文。想要成仙，还得生一场大病，而谢亚理患有脑部肿瘤。这所有条件的具备了，成仙最后一步就是让黄火土杀掉自己，亦所谓的兵解。这也就是为何电影情节中，谢亚理要设下幻术让黄火土开枪射杀自己，因为黄警官本意是去抓捕谢亚礼伏法的。
当年黄警官举报上司腐败，女儿被小舅子持枪挟持时，子弹90°偏离轨迹打死了小舅子，也是谢亚理那成仙的姐姐暗中帮助。谢亚理的姐姐成仙后，一直也在暗中帮助妹妹成仙，而黄火土就是石碑中被预言的人，必须让黄火土助期成仙，如果放任小舅子开枪打死了黄警官女儿，黄警官很可能会寻死，这不是谢亚理所期望的。也正是当天谢亚理的姐姐暗中帮助了黄警官和他的女儿，黄警官的女儿看到了真相，所以谢亚理的姐姐施法让她无法开口说话，目的就是替她守住秘密。
廖振富和邱妙芳为何死前产生不同的幻觉，这也是他们在感染真菌后，谢亚理暗中控制的结果。但在幻觉中死去的两人，为何分别呈现出溺亡和烧死的死状？
电影很多情节设置处理非常精妙，中西方文化的冲突、黄警官和同事们生疏的距离、和妻子貌离神和的复杂情感、以及宗教传说与现代文明的冲撞。要把各种复杂的冲突局面展开，铺以紧凑的故事线，这非常考验剧组的功力。
电影中借鉴了很多民间传说，但毕竟是电影，里面的世界观不能照搬进现实中，所以很多不合理的地方也不能当真。但作为2002年上映的电影，其质量依然吊打现在很多国产恐怖片。
《双瞳》的惊艳之处在于，它所有的恐怖元素都用的是中国土生土长的道教文化。只是这修仙之法采用了旁门左道，不符合现代社会的道德伦理。可能站在谢的角度，所谓道德伦理只是约束普罗大众的秩序罢。
影片的结尾，黄火土在女儿的呼唤中眼角留下眼泪，按照谢亚理的意思，黄助其飞升也是功德天成，可以同谢一起飞升。可眼角的泪水证明他依然对尘世留恋，因为他放不下女儿和他的妻子。
影片的最后，画面定格在碑文上的一段话:
因爱生忧，因爱生惧，若离于爱者，无忧亦无惧 。