2019-03-01 序列下载及合并，多序列比对，进化树

参考学习网址：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951

1. 下载序列
   NCBI下载序列方法
   下载的是基因或者蛋白质的全序列
   合并多个fasta文件

2. 多序列比对
   ！Clustalw 比对后结果需要编辑第一列第一列，可以留下物种名，登录号（因为要比对序列同源性，最好把显示 - 的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）

OR 对齐完之后，选择两端不齐的部分，右键delete即可。

导出fasta格式和MEGA格式两种格式
打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式（注意是比对完的，文件后缀名为.fas）
导出可视化文件，参数默认点OK
！得到可视化的多序列比对结果，打开类似这样（打开用到的软件为Adobe Acrobat）

3. 进化树分析
   打开MEGA，载入meg文件
   参数设置（这里是核酸序列）
   得到进化树
   导出与美化

https://www.sohu.com/a/164261454_652735
MEGA7软件
第一步open,retrive file，species.fasta文件; 比对后选择保存，处保存为mega format，文件名为species.meg
第二部 data，open，打开species.meg，建树后保存，file，export成Newick格式，文件名为 species.nwk