生信软件的使用：fastacmd的提取较大基因组序列

写在前面：

最近要将参考基因组(4.1G，粗山羊草)的每一条染色体单独提取出来，之前我写过一个使用faSomeRecords的帖子基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列 - ，本想使用那种方法进行染色体的提取，然而发现了一些问题，推测可能是参考基因组太大，超过了该软件的限制。报错如下：

$：faSomeRecords ae.tauschii.genome.fa ae.tauschii.chr1.txt test

Line too long (more than 536870912 chars) line 4 of ae.tauschii.genome.fa

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正文：

为了解决这个问题，想到了使用fastacmd，关于该软件的详细用法，官网如下http://nebc.nox.ac.uk/bioinformatics/docs/fastacmd.html，有兴趣的可以仔细看看！

安装步骤在此不再叙述，可以使用自己编译，也可以从conda下载。

然而该软件的使用首先需要对参考基因组进行blast建库。

makeblastdb -in ref.fasta -dbtype nucl -out ref.database -parse_seqids

建库成功后，将会得到如下几个文件。

然后可以调用该软件，使用以下命令

fastacmd  -d  ae.tauschii.genome -i chr1d.txt -o chr1d.genome.fa

chr1d.txt文件内容只有一行，就是chr1D，记住不要加>号！

周后就可以得到chr1D的基因组序列了！

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后记：

最近好几个朋友问我还在更新帖子不，其实中间因为课题比较忙，断更了快2个月。后来想了想，时间紧的话，就在帖子里少叙述一些，时间充足就多写一些，写得详细一些。但一定要保持下去。

也很感谢每一位读者对我的鼓励和支持，这也是我不断写下去的动力！