2019-11-08

.sra 格式变为 .fastq

nohup fastq-dump --split-3 SRR7881539.sra --gzip -O data > log.txt&

hisat2 reads对比参考基因组

nohup hisat2 -x genome -1 /home/ubuntu/data/data/SRR7881537_1.fastq.gz -2 /home/ubuntu/data/data/SRR7881537_2.fastq.gz -S SRR7881537.sam &

samtools 排序 sam文件转为bam文件 sam文件较大

nohup samtools sort -m 552m SRR7881536.sam -o SRR7881536.bam &

gff文件转化为gtf文件

gffread GCF_001642055.1_Altal1_genomic.gff -T -o tmp.gtf

计数

nohup htseq-count -r -f bam /home/ubuntu/data/SRR7881535.bam /home/ubuntu/data/refencegemone/tmp.gtf > SRR7881535.count&
nohup featureCounts -p -t exon -g gene_id -a /home/ubuntu/data/refencegemone/tmp.gtf -o SRR7881536.txt SRR7881536.bam > log.txt

reads提取对比数目

awk -F '\t' '{print 7,$8}' OFS='\t' SRR7881536.txt > SRR7881536.out