跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图

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跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图

“实践是检验真理的唯一标准。”

“复现是学习R语言的最好办法。”

2021.4.12_1

DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032

这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure：小提琴图。

2021.4.19-3

读图

• 白色的圆点是中位数
• 箱线图盒型的范围是下四分位点到上四分位点
• 细黑线表示须，一般为95%置信区间
• 外部形状为核密度估计，密度图宽表示频率

绘制

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title: "violin plot"
author: "MZBJ"
date: "2020/4/19"
#-----
# 初次使用需要安装
#install.packages("vioplot")
rm(list = ls())
library(vioplot)
#使用内置数据
mtcars
pdf("vioplot.pdf")#打开画板
#设置坐标轴
par(las=1,bty="l")
#las。只能是0,1,2,3中的某一个值，用于表示刻度值的方向。0表示总是平行于坐标轴；1表示总是水平方向；2表示总是垂直于坐标轴；3表示总是垂直方向。
#bty。该参数值为字符串型，用于限定图形的边框类型。如果bty的值为"o"（默认值）、"l"、"7"、"c"、"u"或者"]"中的任意一个，对应的边框类型就和该字母的形状相似。如果bty的值为"n"，表示无边框。

#以cyl=6和8的mag为例
x1 <- mtcars$mpg[mtcars$cyl==6]
x2 <- mtcars$mpg[mtcars$cyl==8]
vioplot(x1,x2,
        names = c("6 cyl","8 cyl"),
        col = "4DB22F")
dev.off()

出图：

violin plot

AI处理一些细节：(具体操作会在之后的视频教程展示。大家可以关注我的B站号：木舟笔记。)

2021.4.19-4

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往期内容：

跟着CELL学作图|1.火山图

跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验

跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验