零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言?
如何学习R语言

linux入门学习笔记100篇

不止100篇,但上手上游分析远远不够,可以作为入门参考。
linux学习100篇1:xshell、Xftp下载安装 - (jianshu.com)
linux学习100篇2:绑定Xftp和XShell上传和下载文件 - (jianshu.com)
linux学习100篇3:Error in open.connection(3L, "rb") 换个时间点就打开了 - (jianshu.com)
linux学习100篇4:在服务器中使用R--RStudio Server在windows 10上安装Linux版Rstudio? - (jianshu.com)
linux学习100篇5:linux如何进入R - (jianshu.com)
linux学习100篇6:设置清华镜像和安装miniconda3 - (jianshu.com)
linux学习100篇7:设置环境 - (jianshu.com)
linux学习100篇8:ERROR: configuration failed for package 'curl' - (jianshu.com)
linux学习100篇9:Seurat安装1 - (jianshu.com)
linux学习100篇10:使用清华镜像设置 - (jianshu.com)

linux学习100篇11:install.packages('ggplot2') - (jianshu.com)
linux学习100篇12:Linux安装R以及依赖库出现的一些问题及解决方法 - (jianshu.com)
linux学习100篇13:安装clusterProfiler - (jianshu.com)
linux学习100篇14:安装org.Mm.eg.db - (jianshu.com)
linux学习100篇15:安装org.Hs.eg.db - (jianshu.com)
linux学习100篇16:Error in open.connection(10L, "rb") :Connection timed out after 10004 milliseconds - (jianshu.com)
linux学习100篇17:修改字体颜色 - (jianshu.com)
linux学习100篇18:xshell设置字体 - (jianshu.com)
linux学习100篇19:设置复制粘贴方式 - (jianshu.com)
linux学习100篇20:上传文件到服务器并查看 - (jianshu.com)

linux学习100篇21:Rstudio Server的安装和使用(附常见问题) - (jianshu.com)
linux学习100篇22:linux安装R包的安装 - (jianshu.com)
linux学习100篇23:install.packages("plotly") - (jianshu.com)
linux学习100篇24: ?install.packages("uwot") - (jianshu.com)
linux学习100篇25: linux -R包安装--Seurat - (jianshu.com)
linux学习100篇26: R-studio 更新包出现error:failed to lock directory解决方法 - (jianshu.com)
linux学习100篇27:Linux入门背景知识 - (jianshu.com)
linux学习100篇28:删除00LOCK-RSpectra - (jianshu.com)
linux学习100篇29:安装RSpectra - (jianshu.com)
linux学习100篇30:安装uwot - (jianshu.com)

linux学习100篇31:删除目录 - (jianshu.com)
linux学习100篇32:如何在rstudio sever打开上传到服务器的文件 - (jianshu.com)
linux学习100篇33:linux 里的系统文件默认在哪里放? - (jianshu.com)
linux学习100篇34:转录组分析用软件及安装mutiqc - (jianshu.com)
linux学习100篇35:转录组分析用软件及安装fastp - (jianshu.com)
linux学习100篇36:转录组分析用软件及安装sra-tools - (jianshu.com)
linux学习100篇37:转录组分析用软件及安装samtools - (jianshu.com)
linux学习100篇38:转录组分析用软件及安装salmon - (jianshu.com)
linux学习100篇39:转录组分析用软件及安装trim-galore - (jianshu.com)
linux学习100篇40:转录组分析用软件及安装featureCounts - (jianshu.com)

linux学习100篇41:删除一个空目录 - (jianshu.com)
linux学习100篇42:linux命令格式 - (jianshu.com)
linux学习100篇43:文件和文件夹常用命令 - (jianshu.com)
linux学习100篇44:cd .. 到上一级目录 - (jianshu.com)
linux学习100篇45:linux的一些默认快捷符号 - (jianshu.com)
linux学习100篇46:绝对路径和相对路径 - (jianshu.com)
linux学习100篇47:常用快捷键 - (jianshu.com)
linux学习100篇48:cd命令常见用法 - (jianshu.com)
linux学习100篇49:ls命令常见用法 - (jianshu.com)
linux学习100篇50:文件权限设定 - (jianshu.com)

linux学习100篇51:正则表达式:元字符 - (jianshu.com)
linux学习100篇52:创建文件夹,文件 - (jianshu.com)
linux学习100篇53:Ubuntu 安装tree及用法 - (jianshu.com)
linux学习100篇54:touch 新建文件 - (jianshu.com)
linux学习100篇55:复制粘贴 - (jianshu.com)
linux学习100篇56:文件移动删除重命名 - (jianshu.com)
linux学习100篇57:tree -L 1 - (jianshu.com)
linux学习100篇58:rm -r可以删除文件夹 - (jianshu.com)
linux学习100篇59:创建软连接 - (jianshu.com)
linux学习100篇60:tar压缩解压缩文件 - (jianshu.com)

linux学习100篇61:光标处打字是输入在后面 - (jianshu.com)
linux学习100篇62:head tail less - (jianshu.com)
linux学习100篇63:wc统计文本 - (jianshu.com)
linux学习100篇64:cut:文本切割 - (jianshu.com)
linux学习100篇65:sort排序 - (jianshu.com)

linux学习100篇101:转录组分析用软件及安装subread - (jianshu.com)
linux学习100篇102:conda search fastqc - (jianshu.com)
linux学习100篇103:conda list - (jianshu.com)
linux学习100篇104:conda list fast* - (jianshu.com)
linux学习100篇105:查看指定环境的软件conda list -n rnaseq - (jianshu.com)
linux学习100篇106:查看conda版本conda -V - (jianshu.com)
linux学习100篇107:conda常用命令 - (jianshu.com)
linux学习100篇108:安装 manba - (jianshu.com)
linux学习100篇109:mamba search fastp - (jianshu.com)
linux学习100篇110:mamba 删除软件mamba remove -n rnaseq fastqc - (jianshu.com)

linux学习100篇111:mamba安装软件mamba install -y fastqc - (jianshu.com)
linux学习100篇112:查看安装的软件之间的依赖关系 - (jianshu.com)
linux学习100篇113:环境变量 - (jianshu.com)
linux学习100篇114:环境变量echo $PATH - (jianshu.com)
linux学习100篇115:其他软件安装方式 - (jianshu.com)
linux学习100篇116:bget :一个优雅地下载 OA 文献和附件的命令行工具 - (jianshu.com)
linux学习100篇117:hisat2二进制安装 - (jianshu.com)
linux学习100篇118:samtools源代码安装 - (jianshu.com)
linux学习100篇119:linux文件系统结构 - (jianshu.com)
linux学习100篇120:确认安装了java及安装java 编译的软件 - (jianshu.com)

linux学习100篇121:reboot重启系统 - (jianshu.com)
linux学习100篇122:apt-get install htop 来安装 htop - (jianshu.com)
linux学习100篇123:变量 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程1:标准流程 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2:多模式数据联合分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3:合并两个样品的10x数据集 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4:整合分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5:交互技巧 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程6:常用命令 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7:数据可视化方法 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8:细胞周期评分和回归分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9:差异表达检测 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10:降维 - (jianshu.com)

单细胞测序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程

Seurat4.0系列教程11:使用sctransform - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12:大数据集整合的方法 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13:使用互惠 PCA (RPCA) 快速整合数据 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14:整合scRNA-seq and scATAC-seq数据 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15:映射和注释查询数据集 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16:多模式参考映射注释细胞 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17:Mixscape - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18:Weighted Nearest Neighbor Analysis(WNN)) - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19:多线程并行策略 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20:单细胞对象的格式转换 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21: 结合Cell Hashing分析双细胞 - (jianshu.com)
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单细胞108篇文献解读

单细胞108篇文献解读之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment - (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob... - (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str... - (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之5---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss
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[单细胞108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response](https://www.jianshu.com/p/92f266700c09)
单细胞108篇文献解读之9---Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types t... - (jianshu.com)
单细胞108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat - (jianshu.com)

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R语言

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R数据科学

GEO

数据挖掘学习---GEO 数据库简介 - (jianshu.com)

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TCGA

RNA-seq

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外显子

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python

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《利用Python进行数据分析·第2版》第2章 Python语法基础,IPython和Jupyter Notebooks - (jianshu.com)

质谱流式

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