基因本体论介绍 Gene Ontology overview

本体是给定域内的知识体系的正式表示。本体通常由一组具有在它们之间运行的关系的类（或术语或概念）组成。基因本体论（GO）从三个方面描述了我们对生物领域的了解：

本体	生物意义
分子功能	由基因产物进行的分子水平活动。分子函数术语描述了在分子水平上发生的活性，例如“催化”或“转运”。GO分子函数术语表示活动而不是执行动作的实体（分子或复合体），并且不指定动作发生在何处，何时或在何种上下文中。分子功能通常对应于可以由单个基因产物（即蛋白质或RNA）进行的活性，但是一些活性通过由多种基因产物组成的分子复合物进行。广义功能术语的实例是催化活性和转运蛋白活性 ; 较窄的功能性术语的实例是腺苷酸环化酶活性或Toll样受体结合。为了避免基因产物名称与其分子功能之间的混淆，GO分子功能通常附加“活性”一词（蛋白激酶具有GO分子功能蛋白激酶活性）。
细胞组分	相对于基因产物发挥功能的细胞结构的位置，细胞区室（例如，线粒体）或它们所属的稳定的大分子复合物（例如，核糖体）。与GO的其他方面不同，细胞组分类不是指过程而是指细胞解剖学。
生物过程	通过多种分子活动实现的更大的过程或“生物程序”。广泛的生物学过程术语的实例是DNA修复或信号转导。更具体的术语的实例是嘧啶核碱基生物合成过程或葡萄糖跨膜转运。注意，生物过程不等同于途径。目前，GO并不试图表示完全描述路径所需的动力学或依赖性。

在GO注释的实例中，基因产物“细胞色素c”可以通过分子功能 氧化还原酶活性，生物过程 氧化磷酸化和细胞组分 线粒体基质来描述。

GO词汇表旨在与物种无关，包括适用于原核生物和真核生物的术语，以及单细胞和多细胞生物。

GO classes （也称为Terms）

GO类由定义，标签，唯一标识符和其他几个元素组成。这里描述了GO术语的元素。

GO图GO graph

了解并学会查看关系文件；层次结构类似进化树，有箭头的方向，即有父层次，也有子层次，唯一不同的是，子层次可有多个父层次。

GO的结构可以用图形来描述，其中每个GO Term是节点，并且Term之间的关系是节点之间的边。GO是松散的层次结构，“子”术语比“父”术语更专业，但与严格的层次结构不同，术语可能有多个父术语（请注意，父/子模型并不适用于所有类型关系，见关系文件）。例如，生物过程术语己糖生物合成过程中有两个亲本，己糖代谢过程和单糖生物合成过程。这反映了生物合成过程是代谢过程的一种亚型和a 的事实己糖是单糖的亚型。

链接说明

一个本体......还是三个？

如上图所示，三个GO域（细胞成分，生物过程和分子功能）各自由单独的根本体术语表示。域中的所有术语都可以将其父项跟踪到根术语，尽管通过不同数量的中间项可能存在许多不同的路径到本体根。三个根节点是不相关的，并且没有共同的父节点，因此GO是三个本体。一些基于图形的软件可能需要单个根节点; 在这些情况下，可以添加“假”术语作为三个现有根节点的父节点。

三个GO本体是断续的，这意味着没有一个关系，从不同的本体术语之间运行。但是，GO本体之间的其他关系（如部分和规则）确实可以运行。例如，该分子功能术语“细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性”是的一部分的生物过程“细胞周期”。有关关系的更多信息，请点击此处。

作为动态本体论

一直在更新。

GO旨在代表生物学中的当前知识状态，因此随着生物学知识的积累，它不断被修改和扩展。每周更改（最相对较小）。本体的修订由本体编辑团队管理，他们在生物学和计算知识表示方面具有丰富的经验。这些更新是由GOC本体团队和请求更新的科学家共同完成的。大多数请求来自科学家制作GO注释（这些通常只影响每个术语的几个术语），以及来自特定生物学领域的领域专家（这些通常会修改包含许多术语和关系的本体的整个“分支”）。我们邀请研究人员和计算科学家来提交对新术语，新关系或本体论的任何其他改进的请求。

有关本体的详细信息

GO术语元素：GO术语格式的描述。
本体关系：关于GO中使用的期间关系的文档。

参考资料
1：基因本体论（Gene Ontology）