常用命令

1.R里的字符串提取

• 还是要对正则表达式多少了解一些
  regexpr和regmatches搭配使用，regexpr定位字符串中的指定模式的位置和对应字符数等信息，regmatches则返回指定模式匹配的字符；

  file<- "PFS/Rule1.txt"
  pattern <- 'R.+\\d+'
  tmp<- regexpr(pattern,file)
  f<- regmatches(file,tmp)

2.shell大文件切成小文件

cat test|split -l 2000 -d -a 3

• -l按列切割
• -d切割文件后缀为数字
• -a限定后缀的位数

3.eval与parse

eval(parse(text=paste0('survfit(fit.surv~',rownames(a)[i],
                         ',data=data_t)')))

• parse 将字符串转换为表达式
• eval 对表达式进行求值

4.正常肿瘤样本区分

sample_tumor_side<- function(x){
  # x=exp_tumor_LUAD 
##########提取样本名#########
  pa<- substr(colnames(x),1,12)
  samp<- length(pa[!duplicated(pa)])
##########提取肿瘤样本名#########
  tumor<- substr(colnames(x)[as.numeric(substr(colnames(x),14,15))<10],1,12)
  tumor<- length(tumor[!duplicated(tumor)])
#####提取癌旁样本名##########
  side<- substr(colnames(x)[as.numeric(substr(colnames(x),14,15))>=10],1,12)
  side <- length(side[!duplicated(side)])
  num <-c(samp,tumor,side)
  names(num) <- c('numoftotal','numoftumor','side')
  return(num)
}

5.windows脚本在ubuntu使用

### 先前脚本在windows git 使用，windows10 下安装unbuntu后，脚本无法正常使用，应是符号问题，直接采用dos2unix命令
sudo apt-tet install dos2unix
dos2unix test.sh

6.win10下ubuntu子系统挂盘

• 如果基于硬盘在电脑显示为F盘

sudo mount -t drvfs F: /mnt/f

7.R包注释常用命令-1

library(hgu133plus2.db)
####输出probeid和symbol的table
e2s<- toTable(hgu133plus2SYMBOL)
#####对所有样本生成probeid水平的均值####
ex <- as.data.frame(ex)
ex$mean<- apply(ex,1,mean)
ex$probe_id <- rownames(ex) 
#####merge命令进行id转换#####
ex<- merge(ex,e2s,by='probe_id')
#####依据symbol为主mean为辅进行排序，并去重####
ex<- ex[order(ex$symbol,ex$mean),]
ex <- ex[!duplicated(ex$symbol),]

8.R包注释常用命令-2

E2S <- select(org.Hs.eg.db,keys=keys(org.Hs.eg.db),columns = c('SYMBOL','ENSEMBL'))

9.Rcolorbrewer2网页加载不出来

library(RColorBrewer)
display.brewer.all()

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