dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化

最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly工具，是利用Ｒ语言写的可视化Minimap2/mummer比对输出的结果文件。麻烦点主要在于安装各种依赖的R包，
不想安装可以使用在线的shiny app，非常方便。

经过安装dotPlotly，使用下方命令，就得到了共线性图，会自动排序，调整正负方向，和mummer软件出来的图有所差别，更美观，同时也会损失正负链信息。

# -s 显示序列一致性，关上默认画黑色线，-l 显示水平线，-x 关闭互动展示
Rscript pafCoordsDotPlotly.R -i paf -o prefix -s -l -x

共线性图

dotPlotly工具的参数如下

Rscript pafCoordsDotPlotly.R -h
Usage: pafCoordsDotPlotly.R -i alignments.coords -o out [options]


Options:
-i INPUT, --input=INPUT                                                                       # 输入文件，minimap paf文件
coords file from mummer program 'show.coords' [default NULL]

-o OUTPUT, --output=OUTPUT                                                           #输出文件前缀
output filename prefix [default out]

-v, --verbose
Print out all parameter settings [default]

-q MIN-QUERY-LENGTH, --min-query-length=MIN-QUERY-LENGTH                # 最短的查询序列长度，用于过滤
filter queries with total alignments less than cutoff X bp [default 4e+05]

-m MIN-ALIGNMENT-LENGTH, --min-alignment-length=MIN-ALIGNMENT-LENGTH            #最短的比对长度
filter alignments less than cutoff X bp [default 10000]

-p PLOT-SIZE, --plot-size=PLOT-SIZE                 # 绘图图片大小
plot size X by X inches [default 15]

-l, --show-horizontal-lines                                      # 显示水平线，默认关上，建议打开
turn on horizontal lines on plot for separating scaffolds [default FALSE]

-k NUMBER-REF-CHROMOSOMES, --number-ref-chromosomes=NUMBER-REF-CHROMOSOMES              # 选择绘图时染色体数目，默认绘制所有序列
number of sorted reference chromosomes to keep [default all chromosmes]

-s, --identity                                                                           # -s 不同比对一致性显示不同的颜色，默认关上，建议打开
turn on color alignments by % identity [default FALSE]

-t, --identity-on-target                                                           # 仅对目标对比时计算一致性，可以理解为比对很好时才会计算一致性，如果加上-s 参数，那就是只有比对很好的序列会显示颜色，其他都是黑白
turn on calculation of % identity for on-target alignments only [default FALSE]

-x, --interactive-plot-off                                                         #是否打开互动展示，默认开，建议关上，打开报错
turn off production of interactive plotly [default TRUE]

-r REFERENCE-IDS, --reference-ids=REFERENCE-IDS                        #要保留的引用id列表(以逗号分隔)


comma-separated list of reference IDs to keep [default NULL]

-h, --help
Show this help message and exit

画图遇到如下报错，解决方法

报错信息  Error in ggplot(alignments) : object 'alignments' not found
解决方案： 将前12列 cut出来生成新的paf，在输入绘图

参考资料
https://github.com/tpoorten/dotPlotly