生物信息学数据库导航

生物信息作为计算机与生物的交叉学科，最近几年也受到的大家的关注，因此关于生物信息的数据库越来越多。
由于大部分主要为发文章的需求，因此部分数据库并不稳定，没人维护后部分的生物信息数据库就变得相当鸡肋
因此需要对常用的生物信息学数据库进行总结与持续更新

最近更新时间：2020-6-2
使用方法：点击右键，选择查找可快速定位需要的数据库

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1.常用门户：

• 美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
• 欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.uk
• UCSC Genome：http://genome.ucsc.edu
• 国际生物信息学动态及会议：http://www.bioinformatics.org
• SeqAnswer 国际生物信息技术问答论坛：http://seqanswers.com
• Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org

2.DNA和RNA数据库

• GeneBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
• EMBL：https://www.ebi.ac.uk
• DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
• RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
  参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白质常产物

3.蛋白质数据库

  a.蛋白质序列数据库

• UniProt：https://www.uniprot.org
• PIR：https://proteininformationresource.org

  b.蛋白质功能域数据库

• InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
• ExPASy：https://prosite.expasy.org
• SMART：http://smart.embl.de
• iProClass：https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/iproclass.shtml
• ProDom：http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php
• PRINTS：http://130.88.97.239/PRINTS/index.php

  c.蛋白质结构数据库

• RCSB PDB：http://www.rcsb.org
• SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk
• PDBe：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
• PDBj-BMRB：https://bmrbdep.pdbj.org

  d.蛋白质组学数据库

• ConsensusPathDB：http://cpdb.molgen.mpg.de
• PRIDE：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive
• CORUM：https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/
• World-2DPAGE：https://world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/

4.代谢途径与细胞调控数据库

• KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
• Enzyme：https://www.brenda-enzymes.org
• IMP：http://imp.princeton.edu
• Plantcy：https://www.plantcyc.org
• MANET：https://manet.illinois.edu
• BioSystems：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems
• Pathguide：http://www.pathguide.org
• MapMan：http://mapman.gabipd.org/web/guest
• Microme：https://www.microme.eu
• SMPDB：https://smpdb.ca

5.非编码RNA数据库

• miRBase：http://www.mirbase.org
• AnnoLnc2：http://annolnc.gao-lab.org
• piRNABank：http://pirnabank.ibab.ac.in
• GtRNAdb：http://gtrnadb.ucsc.edu
• Silva：https://www.arb-silva.de
• LNCipedia：https://lncipedia.org/db
• LncRNAWiki：http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page
• NONCODE：http://www.noncode.org
• LncRBase：http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/
• siRNA：http://web.mit.edu/sirna/
• circBase：http://www.circbase.org

6.基因功能注释数据库

• GO：http://geneontology.org
• KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
• DAVID：https://david.ncifcrf.gov
• GOrilla：http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il
• BioGPS：http://biogps.org/#goto=welcome
  强大的基因和蛋白表达注释平台

7.与人相关据库

• GeneCard：https://www.genecards.org/
  自动整合125个数据库，包含基因组、转录组、蛋白组、遗传、临床和功能信息的庞大人基因组数据库
• GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
  人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释
• mBiobank：http://www.mbiobank.com/
  中国代谢解析计划
• Genecard：https://www.genecards.org
  提供基因组，蛋白质组，转录，遗传和功能上所有已知和预测的人类基因
• ConsensusPathDB：http://consensuspathdb.org
  分子功能互作数据库，基于32个公共数据库，整合了人类蛋白质相互作用，遗传相互作用信号，代谢，基因调控和药物 - 靶标相互作用的信息
• Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
  人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达
• GTEx：https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/Genotype-Tissue-Expression-Project
• UCSC：http://genome.ucsc.edu
• 1000Genomes：https://www.internationalgenome.org
  2008年1月启动的项目，对来自不同种族群体的一千多名匿名参与者的基因组进行了分析，并将数据公布于众
• Personal Genome Project：https://www.personalgenomes.org
  来自世界各地的100,00名志愿者的人类基因组计划
• OMIM：https://omim.org
  一个管理人类基因和人类遗传疾病特征的数据库
• TCGA：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
• Human Epigenome Project：https://www.epigenome.org
• Epifactors：https://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/
• MethDB：http://www.methdb.de
• Methycancer：http://methycancer.psych.ac.cn/
• Oncomine：https://www.oncomine.org/resource/login.html
• HUPO：https://hupo.org
• Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
• dbGaP：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/
  人基因型与表型互作数据库

8.模式生物数据库

  a.植物

• Phytozome：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
• PLANTGDB：http://www.plantgdb.org
• Ensembplants：http://plants.ensembl.org/index.html
• TAIR：https://www.arabidopsis.org
  最全的拟南芥资源数据库
• Legume Information System (LIS):https://legumeinfo.org
  豆科植物的基因组数据库
• BRAD：http://brassicadb.org/brad/
• Sol genomics：https://www.solgenomics.net
• RGAP：http://rice.plantbiology.msu.edu
• RAP-DB：https://rapdb.dna.affrc.go.jp
• Gramene：http://www.gramene.org
• MAIZECDB：https://www.maizegdb.org

  b.鼠

• Rat Genome Database (RGD)：https://rgd.mcw.edu/
  大鼠基因组数据库
• MPD：Mouse Phenome Database：https://phenome.jax.org
• Mouse genome：http://www.informatics.jax.org
  可以比较小鼠和人类基因组的区别；查找基因功能及敲除某个基因后导致的表型；人类-小鼠相关疾病；基因表达等
• Mouse Genome Database(MGD)：http://www.nervenet.org/main/dictionary.html
  MGD数据库是整合了国际上实验室小鼠生物数据的资源库，提供小鼠相关的基因组、综合遗传等信息
• Mouse Genetics and Genomics Software and Tools：http://mouse.cs.ucla.edu/
• Mouse Genomes Project：https://www.sanger.ac.uk/science/data/mouse-genomes-project
• GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
  人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释

  c.动物

• UCSC genome：http://genome.ucsc.edu
• Ensemblmetazoa：http://metazoa.ensembl.org/index.html
• FlyBase：http://flybase.org
  模式生物果蝇的基因组数据库
• Zebrafish genome：http://zfin.org
  斑马鱼的基因组数据库
• Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/
• Wormbase：https://wormbase.org//#012-34-5
• Nematode：http://nematode.net/NN3_frontpage.cgi

  d.微生物

• Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/
  模式生物非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和非洲爪蟾（Xenopus laevis）的基因组数据库
• Wormbase：https://wormbase.org/#012-34-5
  关于线虫模式生物秀丽隐杆线虫的生物学和基因组在线生物数据库，还包含其他相关线虫的信息
• PomBase：https://www.pombase.org/
  裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的知识库
• Saccharomyces Genome Database (SGD)：https://www.yeastgenome.org/
  酵母模型生物的基因组数据库
• Ensemblfungi：http://fungi.ensembl.org/index.html
• Ensembl Bacteria：http://bacteria.ensembl.org/index.html
• Yeast genome(SGD)：https://www.yeastgenome.org
• microbe：https://www.imicrobe.us

9.GWAS专区

• GWAS Catalog：https://www.ebi.ac.uk/gwas/
  收集已发表的GWAS研究的数据库
• dbGap：https://dbgap.ncbi.nlm.nih.gov/aa/wga.cgi?page=login
• GWAS database：https://gwas.biosciencedbc.jp/cgi-bin/gwasdb/gwas_top.cgi
• GWAS central：https://www.gwascentral.org/
• GWAS Biobank：https://www.ukbiobank.ac.uk/tag/gwas/
• GWAS ATLAS：https://atlas.ctglab.nl/
• Metabolomics GWAS Server：http://metabolomics.helmholtz-muenchen.de/gwas/index.php
  人类代谢组学GWAS数据
• Chinese Millionome Database(CMDB)：https://db.cngb.org/cmdb/

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Tips:
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