错误信息
最近处理10x数据，需要把已有的亚群合并，然后绘制目标基因的热图~
朴实~ 无华~ 枯燥~
处理完成之后，需要调整亚群绘制顺序，基因的顺序
OK~ 我改~
one moment later......
“怎么这几张图的标度范围不一样？看起来不统一”
我改~ 也就是一个修改刻度~
然后~ 然后我就后悔了~
漫漫Debug路
第一次尝试
Seurat包里面热图，用的是ggplot2绘制的，一般处理这种问题，只要
获取对象后重新指定一下数据标准化的范围就好，搞一下配色什么的就完
事
p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),
breaks =c(-2,0,2),
colours = PurpleAndYellow(),
na.value = "white") +
WhiteBackground()
本以为这样就结束，打开结果一看？喵喵喵~ 什么鬼，那一条条的白线是个
什么玩意儿？
对比前后的结果，这些白色的部分在原始的图形中都被当作最大值处理（其
实是缺失值）。
没问题~ 缺失值替换为黄色就好
第二次处理
p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),
breaks =c(-2,-1,0,1,2),
colours = PurpleAndYellow(),
na.value = "yellow") +
WhiteBackground()
纳尼~ 那些组间的分隔怎么也变成了屎黄色？看来这样不对~
第三次处理
查看图形对象中那些缺失的数据数据（原本是会有一些细胞也为缺失的，但我更新之后的ggplot对象没法重复之前的结果，不记得之前ggplot2是哪个版本了）
p$data %>% filter(is.na(Expression))
# Feature Cell Expression Identity
# 1 Rbp7 hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
# 2 Sema3g hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
# 3 Gpihbp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
# 4 Plpp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
# 5 Ly6c1 hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
# 6 Emcn hrspdmjykfoinzbwqvtc NA Fibroblasts
这些奇怪名字的细胞就是用来生成那些组间分割的占位信息，在使用
na.value = "yellow" 时，把这些占位信息也给修改了，于是就有
了图中的屎黄色分割，处理方法也简单，只将那些正常细胞名称的表
达量由NA替换为我们的最大值即可~ 随后在scale_fill_gradientn中
将NA替换为白色即可~
第四次处理
本来经过前面的处理，应该已经可以正常将热图的标度修改为指定的
范围~
But~
当我重新运行脚本时却出现了如下的报错：
Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs) :
arguments imply differing number of rows: 2055, 0
Calls: PlotHeatmapPlot -> DoHeatmap -> data.frame
Execution halted
我原来正常的脚本都跑不了了这又是什么鬼明明之前还好好的能够正常运行~
谷歌之~
Error in DoHeatmap – no labelling of identities above colourbar possible
看来是版本问题~
看一下自己环境里的r包，有人升级了ggplot2到3.3.3。
我也没有记录之前的ggplot2版本，之前的工作算是白做了~
看了一下Seurat的更新记录，最新的版本已经到了4.x.x，但所用对象使用的是3.1.1，所以找一个比较近的版本：
重新安装一个v3.1.4版本的Seurat
里面的
DoHeatmap方法果然有所改变，对ggplot 3.3.3进行了适配
这个版本的ggplot2在重新标准化之后细胞不再会出现缺失值，前面的方法也呵呵了~
要消除白色的那些细胞，只需要将越过范围的值给赋值为其边界值即可
p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression > 2),]$Expression <- 2
p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression < -2),]$Expression <- -2
剩下的调整一下theme就好了